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Caractérisation pangénomique et analyse comparative du programme de réplication de l'ADN dans 12 lignées cellulaires humaines

Date
lun 18 nov 2019
Horaires

14h00

Intervenant(s)

Soutenance de thèse de M. Hadi KABALANE du laboratoire de Physique de l'ENS de Lyon, sous la direction de M. Benjamin AUDIT

Langue(s) des interventions

Description générale

Le programme spatiotemporel de réplication de l'ADN est régulé au cours du développement et altéré durant la progression cancéreuse. Nous proposons une caractérisation originale de la plasticité ,du programme de réplication de l’ADN se basant sur le profilage de 12 lignées cellulaires humaines normales ou cancéreuses par la méthode OK-seq de purification et séquençage des fragments d'Okazaki qui permet de déterminer l'orientation de la progression des fourches de réplication (OFR) à haute résolution (10 kilo bases). L'analyse comparative des profils OFR montre que les changements réplicatifs permettent la classification des lignées cellulaires en fonction de leur tissu d'origine, la nature cancéreuse ou non de la lignée n'intervenant qu'en second ordre. Il n'apparaît pas de point chaud pour l’accumulation des changements réplicatifs, ceux-ci étant largement dispersés sur tout le génome. Néanmoins, les régions riches en G+C et en gènes actifs, répliquées précocement au cours de la phase S, ont le programme de réplication le plus stable, elles présentent une forte densité de zones d'initiation de la réplication (ZI) efficaces et conservées entre lignées cellulaires. En contraste, les dernières régions répliquées, à faible densité de gènes et pauvres en G+C, présentent peu de ZI efficaces, souvent spécifiques d'un tissu ou d'une lignée. Ceci nous conduit à quantifier le degré de dissociation entre ZI et activation de la transcription. Ce travail propose un panorama original des modifications du programme de réplication au cours de la différentiation normale ou pathologique, dont un contrôle lignée cellulaire spécifique des ZI dans les déserts de gènes à réplication tardive. visé par le directeur de thèse

Gratuit
Mots clés
Disciplines