Un modèle physique de formation des nucléosomes a révélé que sur 1/3 du génome humain la séquence ADN code pour des barrières empêchant la formation du nucléosome (BN) bordées de chaque côté par ∼2-3 nucléosomes. Nos résultats corroborent que les BN seraient présents chez tous les eucaryotes. En effet, (i) le modèle prédit des BN aux propriétés identiques aux BN humain pour une large gamme de génomes, (ii) ces BN sont confirmées par des données expérimentales de positionnement du nucléosome chez la souris et la drosophile et (iii) le profil des mutations homme-chimpanzé associées à la méthylation des dinucleotides CpG est en phase avec l’accessibilité de l’ADN déduite du positionnement des nucléosomes aux bords des BN. Les données expérimentales les plus récentes révèlent des nucléosomes très instables dans les BN, qui pourraient donc agir comme des «portes d’entrée» pour les modifications épigénétiques, ce que nous observons pour le variant d’histone H3.3. Nous proposons un scénario évolutif chez l’homme et le chimpanzé où l’insertion des éléments transposables (ET) de type Alu est à l’origine de nouvelles BN car (i) 70% des Alu sont insérés à un bord de BN, (ii) les Alu les plus récemment insérés sont les plus proches des BN et (iii) les Alu spécifiques à une espèce sont principalement positionnés aux bords de BN eux aussi spécifiques. L’identification chez la souris et le porc d’ET bons candidats pour suivre le même modèle de création de BN par insertion, suggère un mécanisme général qui pourrait expliquer le succès évolutif de certains ET. Cette thèse permet donc de mieux appréhender les mécanismes évolutifs responsable de l’organisation nucléosomale intrinsèque.
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