MILYON fédère les communautés mathématiques et informatique fondamentale de Lyon - Saint-Étienne autour de trois objectifs majeurs : recherche en mathématiques et informatique fondamentale, notamment à l’interface des deux disciplines et plus généralement multidisciplinaire, innovation en matière de formation, et diffusion de la culture scientifique.

Le premier objectif de PRIMES est de développer de nouveaux concepts et méthodes pour l’exploration, le diagnostic et la thérapie du cancer et des pathologies associées au vieillissement, deux problématiques classées prioritaires en termes de santé publique.

Le LabEx IMU est un dispositif de recherche et d’expérimentation centré sur la ville, l’urbain, la métropolisation et l’urbanisation.

CORTEX est le fruit d’un regroupement multidisciplinaire unique, visant à comprendre le cortex et la cognition.

À rebours de toute mythologie de la « naissance de la modernité », le LabEx COMOD étudie les formes de rationalité sur lesquelles s’appuient les institutions et les pratiques du « vivre ensemble ».

L’IHRIM (Institut d’Histoire des Représentations et des Idées dans les Modernités) est une UMR transséculaire (XVIe-XXe siècles) et pluridisciplinaire (philosophie, littératures française et étrangères, musicologie, études théâtrales, histoire de l’art, histoire des sciences et des techniques).

Les recherches qui sont menées au laboratoire Histoire et Sources des Mondes Antiques concernent les mondes anciens, abordés à travers les disciplines spécialisées des Sciences de l'Antiquité que sont l'archéologie, l'histoire, les études littéraires, la philologie, l'épigraphie, la numismatique, l’iconographie, sur une très longue période qui s'étend de l'Ancien Empire pharaonique à la fin de l'Antiquité tardive, et dans un espace géographique cohérent qui correspond principalement aux civilisations de la Méditerranée antique.

Le GATE Lyon-Saint-Etienne étudie les interactions et la coordination entre agents économiques : formation de réseaux, coopération entre agents, externalités.

Pluralisme théorique, méthodologique et épistémologique définisse le Centre Max Weber. 

Le laboratoire Triangle est une Unité Mixe de Recherche clairement pluridisciplinaire.