Actualité de l'ENS de Lyon

Expliquer la dissémination du staphylocoque doré en milieu hospitalier grâce aux big data

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Actualité
Résumé

Publication du LIP

Description

Réseau des contacts entre des patients (cercles) et le personnel hospitalier (triangle). Les contacts sont agrégés à la semaine. Plus un lien est épais entre deux individus, plus ils ont été en contact. La couleur des personnes indique leur statut de colonisation : rouge si ils sont porteurs de S. aureus résistant à la méthicilline ; vert si ils sont porteurs de S. aureus sensibles à la méthicilline et bleu si ils ne sont pas colonisés. .

L’enregistrement systématique, réalisé à partir d’équipements électroniques sans fil des interactions entre les personnes d’un hôpital permet d’expliquer les transmissions nosocomiales de germes en milieu hospitalier.  C’est ce que démontrent  Thomas Obadia et ses collègues Pierre-Yves Boëlle (Inserm, Univ. Pierre & Marie Curie),
Éric Fleury (Inria, Ecole Normale Supérieure de Lyon, chercheur au LIP et à l'IXXI, Didier Guillemot (Inserm, Institut Pasteur, Univ. Versailles Saint Quentin) dans leur étude publiée dans la revue PLOS Computational Biology, preuve que les nouvelles technologies ont toute leur place dans la lutte et dans le contrôle des infections et des épidémies.

La disponibilité des technologies sans fil rend la capture systématique et périodique des interactions entre toutes les personnes d’un hôpital de plus en plus aisée et précise. Cette tendance à employer des données de terrain fait son chemin en épidémiologie pour caractériser les risques de transmission d’un pathogène. Dans cette étude à très large échelle, les auteurs analysent à la fois toutes les interactions qui interviennent entre tout le personnel et tous les patients de l’hôpital maritime de Berck-sur-Mer (APHP), leur colonisation par le staphylocoque doré (S. aureus), notamment S. aureus résistant à la méticilline (SARM). En recoupant les informations détaillées du réseau des contacts, ils ont pu démontrer que la transmission des souches de S. aureus était localisée le long des chemins enregistrés dans le réseau des contacts.

La conclusion des chercheurs est « […] les réseaux de contacts sont de plus en plus employés dans la modélisation des maladies infectieuses. Néanmoins la collecte des données de contacts était souvent incomplète ou partielle. Dans cette expérimentation unique in situ à large échelle, l’analyse conjointe et systématique des contacts et des portages valide l’utilisation des dispositifs sans fil pour mesurer le réseau de contacts au sein d’un hôpital et ouvre de nouvelles perspectives de lutte contre les infections nosocomiales. »

Références : Detailed Contact Data and the Dissemination of Staphylococcus aureus in Hospitals, Thomas Obadia, Romain Silhol, Lulla Opatowski, Laura Temime, Judith Legrand, Anne C. M. Thiébaut, Jean-Louis Herrmann, Éric Fleury, – Didier Guillemot, Pierre-Yves Boëlle, on behalf of the I-Bird Study Group - PLOS, March 19, 2015 - DOI: 10.1371/journal.pcbi.1004170

Méthodologie

Cette étude nommée i-Bird (Individual Based Investigation of Resistance Dissemination) a été financée par le projet européen MOSAR (LSHM-CT-2007-037941) et par le programme français de recherche clinique. Elle a concerné 590 personnes (personnels hospitaliers et patients), sur une période de 4 mois durant laquelle tous les contacts étaient enregistrés toutes les 30 secondes, représentant plus de 85,025 interactions journalières. 
L’avancée majeure de cette étude et le défi relevé a été de mesurer conjointement les interactions (une « photo » de qui est en contact avec qui toutes les 30 sec.) et  d’avoir des prélèvements réguliers et systématiques des 590 personnes impliquées pour disposer des données microbiologiques sur les portages – toutes les autres études étaient à de beaucoup plus petites échelles en temps, jamais exhaustives sur tout le personnel et se focalisaient sur l’un ou l’autre des aspects.
Les résultats indiquent que les contacts entre individus (patient/soignant mais aussi patient/patient, et soignant/soignant) permettent d’identifier les situations générant des risques plus élevés de transmission, ce qui doit permettre à terme de réduire les transmissions nosocomiales de S. aureus.
Mots clés