Les gènes ne sont pas répartis de manière aléatoire dans l'espace du noyau, mais sont organisés au sein de clusters spatiaux plus ou moins dynamiques. Cette organisation spatiale du génome joue un rôle majeur dans la régulation de l'expression des gènes. En utilisant différents types de données expérimentales, il est montré que les gènes à proximité spatiale les uns des autres partagent les mêmes biais de composition nucléotidique, ce qui pourrait expliquer en partie l'auto-organisation spatiale du génome. De plus, les gènes co-localisés avec des biais similaires ont une plus grande probabilité d'être co-régulés par les mêmes facteurs de transcription. Ils produisent également des ARN qui partagent les mêmes biais de composition nucléotidique, qui sont co-régulés par les mêmes protéines de liaison à l'ARN. Enfin, les ARNm produits par des gènes qui co-localisent génèrent des protéines partageant les mêmes biais de composition en acides aminés. En conséquence, les protéines produites par des gènes co-localisés partagent les mêmes propriétés physico-chimiques et ont une plus grande probabilité d'appartenir aux mêmes sous-compartiments cellulaires et d’avoir des fonctions biologiques similaires. Ainsi, en analysant les biais de composition, en tant que proxy des propriétés physico-chimiques des gènes et de leurs produits, il est mis en évidence un lien entre l'organisation spatiale des gènes dans le noyau et l'organisation spatiale de leurs produits (c'est-à-dire les protéines) dans la cellule.
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