Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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documentation:tools:software:abinit [2020/06/17 10:14] – cicaluga | documentation:tools:software:abinit [2021/06/22 08:26] (Version actuelle) – [Abinit] cicaluga | ||
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Ligne 3: | Ligne 3: | ||
* ABINIT is a software suite to calculate the optical, mechanical, vibrational, | * ABINIT is a software suite to calculate the optical, mechanical, vibrational, | ||
- | ^ Version | + | ^ Version |
- | | 8.6.3 | openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6 | + | | 8.6.3 | openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6 |
- | | 8.6.3 | openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6-mkl-2017.4 | + | | 8.6.3 | openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6-mkl-2017.4 |
- | | 8.10.3 | + | | 8.10.3 |
+ | | 9.4.1 | openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6-mkl-2017.4 | ||
- | Pour utiliser les modulefiles, consulter [[documentation: | + | |
+ | Pour utiliser les modules, consulter [[documentation: | ||
===== Site officiel ===== | ===== Site officiel ===== | ||
Ligne 22: | Ligne 25: | ||
<code bash parexemple.sh> | <code bash parexemple.sh> | ||
+ | |||
#!/bin/bash | #!/bin/bash | ||
- | ### shell du job: | ||
#$ -S /bin/bash | #$ -S /bin/bash | ||
- | ### nom du job: | + | # |
- | #$ -N pouet | + | #$ -N Test_13_5000K_snps3000 |
- | ### files d' | + | #$ -q E5_test |
- | #$ -q E5-2670deb64Z | + | #$ -pe test_debian 32 |
- | ### parallel environnement & nslots | + | # |
- | #$ -pe mpi16_debian 48 | + | ### charger |
- | ### charge | + | |
#$ -cwd | #$ -cwd | ||
- | ### exporte | + | ### exporter |
#$ -V | #$ -V | ||
+ | ### mails en debut et fin d' | ||
+ | #$ -m be | ||
+ | HOSTFILE=${TMPDIR}/ | ||
+ | cd ${SGE_O_WORKDIR} | ||
+ | # | ||
+ | ### configurer l' | ||
+ | module purge | ||
+ | module load ABINIT/ | ||
+ | PREFIX="/ | ||
+ | MPIRUN=" | ||
+ | # | ||
+ | $MPIRUN -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} abinit < a13_5000K_snps3000.files > a13_5000K_snps3000.log | ||
+ | # fin | ||
- | HOMEDIR=$SGE_O_WORKDIR | + | </ |
- | ## charge l' | + | ====== Tutoriel ABINIT " |
- | source / | + | |
- | module use / | + | |
- | module load Base/psmn | + | |
- | module load Abinit/ | + | |
- | HOSTFILE=$TMPDIR/machines | + | Plusieurs tutoriels sont proposés par ABINIT dans le répertoire share/abinit-test de chaque installation. |
+ | On peut suivre tous ces tutoriels, ci-dessous sont présentées les étapes pour suivre le tutoriel " | ||
- | cd $HOMEDIR | ||
- | mpirun -np $NSLOTS | + | * Rapatriement du tutoriel dans le compte utilisateur |
+ | |||
+ | <code bash> | ||
+ | $ mkdir -p ~/ | ||
+ | |||
+ | $ cp -a / | ||
+ | |||
+ | $ cp / | ||
</ | </ | ||
+ | |||
+ | * Définition de l' | ||
+ | |||
+ | <code bash> | ||
+ | $ cd ~/ | ||
+ | $ module load ABINIT/ | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | * Exécution de l' | ||
+ | |||
+ | <code bash> | ||
+ | $ mpirun -np 4 abinit < tdfpt_01.files > tdfpt_01.log | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | * Exécution du calcul DFPT | ||
+ | |||
+ | <code bash> | ||
+ | $ cp tdfpt_01.o_WFK tdfpt_02.i_WFK | ||
+ | $ cp tdfpt_01.o_WFK tdfpt_02.i_WFQ | ||
+ | $ mpirun -np 4 abinit < tdfpt_02.files > tdfpt_02.log | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | A la fin de l' | ||
+ | |||
+ | |||
+ | < | ||
+ | < | ||
+ | |||
+ | * Lancement en mode Batch | ||
+ | |||
+ | Les étapes précédentes étant exécutées en mode Interactif, mais pour plus de rapidité et pour poursuivre les calculs en mode production, ces étapes sont à exécuter en mode Batch (soumission aux queues SGE), en soumettant un script de soumission classique ABINIT, comme suit : | ||
+ | |||
+ | |||
+ | <code bash> | ||
+ | |||
+ | $ qsub script_abinit | ||
+ | |||
+ | où script_abinit contient : | ||
+ | |||
+ | $ cat script_abinit | ||
+ | #!/bin/bash | ||
+ | # | ||
+ | #$ -N Test # Job name | ||
+ | # | ||
+ | #### For testing | ||
+ | ####$ -q E5_test | ||
+ | #$ -q h48-E5-2670deb128 | ||
+ | ####$ -pe test_debian 32 | ||
+ | #$ -pe mpi16_debian 16 | ||
+ | ### charger l' | ||
+ | #$ -cwd | ||
+ | ### exporter les variables d' | ||
+ | #$ -V | ||
+ | ### mails en debut et fin d' | ||
+ | #$ -m be | ||
+ | HOSTFILE=${TMPDIR}/ | ||
+ | cd ${SGE_O_WORKDIR}/ | ||
+ | ### configurer l' | ||
+ | module purge | ||
+ | module load ABINIT/ | ||
+ | # | ||
+ | ### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ||
+ | PREFIX="/ | ||
+ | MPIRUN=" | ||
+ | ## | ||
+ | ## | ||
+ | NSLOTS=4 | ||
+ | ###### First test | ||
+ | ## | ||
+ | $MPIRUN -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} abinit < tdfpt_01.files > tdfpt_01.log | ||
+ | cp tdfpt_01.o_WFK tdfpt_02.i_WFK | ||
+ | cp tdfpt_01.o_WFK tdfpt_02.i_WFQ | ||
+ | ## Test case, step 2 (DFPT calculation) | ||
+ | $MPIRUN -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} abinit < tdfpt_02.files > tdfpt_02.log | ||
+ | ## | ||
+ | ## | ||
+ | ###### Second test | ||
+ | ## | ||
+ | $MPIRUN -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} abinit < tdfpt_03.files > tdfpt_03.log | ||
+ | cp tdfpt_03.o_WFK tdfpt_04.i_WFK | ||
+ | cp tdfpt_03.o_WFK tdfpt_04.i_WFQ | ||
+ | ## Test case, step 2 (DFPT calculation) | ||
+ | $MPIRUN -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} abinit < tdfpt_04.files > tdfpt_04.log | ||
+ | # | ||
+ | |||
+ | |||
+ | # fin | ||
+ | </ | ||
+ | |||