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documentation:tools:software:bioinfo [2018/02/14 13:26] – [Logiciels Bioinformatiques] cpetitdocumentation:tools:software:bioinfo [2020/06/12 09:54] – update ltaulell
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      * [[documentation:tools:software:star|STAR]]      * [[documentation:tools:software:star|STAR]]
      * [[documentation:tools:software:tcoffee|T-Coffee]]      * [[documentation:tools:software:tcoffee|T-Coffee]]
-     * [[documentation:tools:software:hmmer|HMMER]]+     * [[documentation:tools:software:hmmer|HMMER /HMMER2]]
  
   * Genome Assembly   * Genome Assembly
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    * //de novo// assembly     * //de novo// assembly 
-     [[documentation:tools:software:atram|aTRAM]] +     <del>|aTRAM</del> 
-     [[documentation:tools:software:apytram|apytram]] +     <del>apytram</del> 
-     [[documentation:tools:software:bridger|Bridger]]+     <del>Bridger</del>
      * [[documentation:tools:software:canu|Canu]]      * [[documentation:tools:software:canu|Canu]]
-     [[documentation:tools:software:celera-wgs|Celera-WGS]]+     <del>Celera-WGS</del>
      * [[documentation:tools:software:corset|Corset]]      * [[documentation:tools:software:corset|Corset]]
      * [[documentation:tools:software:mira|MIRA]]      * [[documentation:tools:software:mira|MIRA]]
-     [[documentation:tools:software:oases|Oases]]+     <del>Oases</del>
      * [[documentation:tools:software:stringtie|StringTie]]      * [[documentation:tools:software:stringtie|StringTie]]
      * [[documentation:tools:software:trinity|Trinity]]      * [[documentation:tools:software:trinity|Trinity]]
Ligne 54: Ligne 54:
     * [[documentation:tools:software:braker|Braker]]     * [[documentation:tools:software:braker|Braker]]
     * [[documentation:tools:software:genemark|GeneMark ES/ET]]     * [[documentation:tools:software:genemark|GeneMark ES/ET]]
-    * [[documentation:tools:software:phylomerge|PhyloMerge]] 
     * [[documentation:tools:software:transdecoder|TransDecoder]]     * [[documentation:tools:software:transdecoder|TransDecoder]]
  
  
   * Sequences clustering   * Sequences clustering
-    * [[documentation:tools:software:amalgam|amalgam]] +    * <del>SiLiX</del>
-    * [[documentation:tools:software:silix|SiLiX]]+
        
   * Estimate RNA-seq Abundance   * Estimate RNA-seq Abundance
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     * [[documentation:tools:software:kallisto|kallisto]]     * [[documentation:tools:software:kallisto|kallisto]]
     * [[documentation:tools:software:rsem|RSEM]]     * [[documentation:tools:software:rsem|RSEM]]
 +    * [[documentation:tools:software:salmon|Salmon]]
     * [[documentation:tools:software:stringtie|StringTie]]     * [[documentation:tools:software:stringtie|StringTie]]
  
Ligne 80: Ligne 79:
  
   * Phylogeny   * Phylogeny
-    * [[documentation:tools:software:amalgam|caars]] 
     * [[documentation:tools:software:fasttree|FastTree]]     * [[documentation:tools:software:fasttree|FastTree]]
     * [[documentation:tools:software:gubbins|Gubbins]]     * [[documentation:tools:software:gubbins|Gubbins]]
     *  [[documentation:tools:software:hyphy|HyPhy]]     *  [[documentation:tools:software:hyphy|HyPhy]]
     * [[documentation:tools:software:mrbayes|MRbayes]]     * [[documentation:tools:software:mrbayes|MRbayes]]
-    * [[documentation:tools:software:phyldog|PHYLDOG]] +    * <del>PHYLDOG</del>
-    * [[documentation:tools:software:phylobayes|Phylobayes]] +
-    * [[documentation:tools:software:phylomerge|PhyloMerge]]+
     * [[documentation:tools:software:phyml|PhyML]]     * [[documentation:tools:software:phyml|PhyML]]
     * [[documentation:tools:software:raxml|RAxML]]     * [[documentation:tools:software:raxml|RAxML]]
Ligne 96: Ligne 92:
      * [[documentation:tools:software:drompa|DROMPA]]      * [[documentation:tools:software:drompa|DROMPA]]
      * [[documentation:tools:software:macs|MACS/MACS2]]      * [[documentation:tools:software:macs|MACS/MACS2]]
-     * [[documentation:tools:software:odin|ODIN (RGT)]]+     * [[documentation:tools:software:music|MUSIC]] 
 +     * [[documentation:tools:software:odin|ODIN]] 
  
   * Nucleosomes Mapping   * Nucleosomes Mapping
-     [[documentation:tools:software:nucleominer|NucleoMiner]]+     <del>NucleoMiner</del>
  
      * Handle NGS Data      * Handle NGS Data
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        * [[documentation:tools:software:tablemaker|tablemaker]]        * [[documentation:tools:software:tablemaker|tablemaker]]
        * [[documentation:tools:software:jellyfish|Jellyfish]]        * [[documentation:tools:software:jellyfish|Jellyfish]]
-       * <del> Homer </del> [[http://homer.ucsd.edu/homer/|.]]+       * <del>Homer</del>
  
     * NGS data visualization     * NGS data visualization
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    * NMR    * NMR
-     [[documentation:tools:software:spinevolution|Spinevolution]]+     <del>Spinevolution</del>
  
    * DNase-seq Analysis    * DNase-seq Analysis
documentation/tools/software/bioinfo.txt · Dernière modification : 2020/10/05 09:37 de ltaulell