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documentation:tools:software:canu [2017/01/23 11:31] ltaulelldocumentation:tools:software:canu [2018/02/27 16:51] – [Canu] ltaulell
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 ====== Canu ====== ====== Canu ======
 +
 +  * a fork of the [[documentation:tools:software:celera-wgs|Celera Assembler]] designed for high-noise single-molecule sequencing (such as the PacBio RSII or Oxford Nanopore MinION).
  
 ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^ ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^
-|  1.4  |  N/A  |  N/A  |  /applis/PSMN/generic/Canu/1.4/Linux-amd64  |  Debian 7  |+|  1.4  |  N/A  |  N/A  |  /applis/PSMN/generic/Canu/1.4/Linux-amd64  |  Generic  |
 | | **modulefile** : Canu/1.4  |||| | | **modulefile** : Canu/1.4  ||||
  
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 <code> <code>
-maxMemory=256 +maxMemory = 250 
-maxThreads=16 +maxThreads = 16 
-useGrid=remote +useGrid = remote 
-gridEngine=sge +gridEngine = sge 
-gridEngineArrayMaxJobs=7500 +gridEngineArrayMaxJobs = 7500 
-gridEngineThreadsOption="-pe openmp16 16"+gridEngineThreadsOption = -pe openmp16 THREADS 
 +gridEngineMemoryOption = -l h_vmem=MEMORY
 </code> </code>
  
documentation/tools/software/canu.txt · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 de 127.0.0.1