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documentation:tools:software:htslib [2015/01/06 13:27] – modification externe 127.0.0.1documentation:tools:software:htslib [2020/08/25 15:58] – modification externe 127.0.0.1
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 ====== HTSlib ====== ====== HTSlib ======
 +
 +  * a unified C library for accessing common file formats, such as //SAM, CRAM// and //VCF//, used for high-throughput sequencing data, and is the core library used by [[documentation:tools:software:samtools|samtools]] and [[documentation:tools:software:bcftools|bcftools]].
  
 ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^ ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^
-|  1. |  gnu-4.7.2  |  N/A  |  /applis/PSMN/debian7/HTSlib/1.1/bin  |  Debian  | +|  1. |  GCC/7.2.0 OpenMPI/3.0.0  |  N/A  |  ''${APPLIS}/MPI/GCC/7.2.0/OpenMPI/3.0.0/HTSlib/1.6/bin''  |  Debian 9  | 
-| | **modulefile** : HTSlib/1.1  ||||+| | **modulefile** : GCC/7.2.0/OpenMPI/3.0.0/HTSlib/1.6 |||| 
 +|  1.6  |  GCC/6.4.0 OpenMPI/3.0.0   N/A  |  ''${APPLIS}/MPI/GCC/6.4.0/OpenMPI/3.0.0/HTSlib/1.6/bin''  |  Debian 9  | 
 +| | **modulefile** : GCC/6.4.0/OpenMPI/3.0.0/HTSlib/1.6 |||| 
 +|  1.6  |  GCC/5.4.0  |  N/A  |  ''${APPLIS}/Compiler/GCC/5.4.0/HTSlib/1.6/bin''   Debian  | 
 +| | **modulefile** : GCC/5.4.0/HTSlib/1.6 |||| 
 +|  1.1  |  GCC/6.4.0 OpenMPI/3.0.0   N/A   ''${APPLIS}/MPI/GCC/6.4.0/OpenMPI/3.0.0/HTSlib/1.1/bin''   Debian 9  | 
 +| | **modulefile** : GCC/6.4.0/OpenMPI/3.0.0/HTSlib/1.1 |||| 
 + 
 + 
 +<code bash>APPLIS=/applis/PSMN/debian9/software</code>
  
 Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]] Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]]
  
-{{INLINETOC}}+
  
  
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 make prefix=/applis/PSMN/debian7/HTSlib/1.1 install make prefix=/applis/PSMN/debian7/HTSlib/1.1 install
 </code> </code>
 +
 +===== Site officiel =====
 +   *https://github.com/samtools/htslib
 +   *http://www.htslib.org/
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