Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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documentation:tools:software:lammps [2016/03/07 06:28] – [LAMMPS] cicaluga | documentation:tools:software:lammps [2020/08/16 18:12] – cicaluga | ||
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Ligne 16: | Ligne 16: | ||
| 7Dec15 | | 7Dec15 | ||
| | **modulefile** : Lammps/ | | | **modulefile** : Lammps/ | ||
+ | | 11Aug17 | ||
+ | | | **modulefile** : LAMMPS/ | ||
+ | | 22Aug2018 | ||
+ | | | **modulefile** : LAMMPS/ | ||
+ | | 15Nov2018 | ||
+ | | | **modulefile** : LAMMPS/ | ||
+ | | 19Sep2019 | ||
+ | | | **modulefile** : LAMMPS/ | ||
+ | |||
Ligne 75: | Ligne 84: | ||
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+ | ===== Exemples d' | ||
+ | |||
+ | L' exemple décri le mode d' | ||
+ | |||
+ | |||
+ | - créer un répertoire de test et travailler dedans : <code bash> | ||
+ | mkdir $HOME/ | ||
+ | cd $HOME/ | ||
+ | |||
+ | - copier l'un des fichier test dans votre répertoire de test : <code bash> | ||
+ | cp / | ||
+ | |||
+ | - exécuter LAMMPS avec un script de soumission SGE et de soumettre ce script : <code bash> | ||
+ | |||
+ | ccalugar@e5-2670comp1: | ||
+ | #!/bin/bash | ||
+ | #$ -S /bin/bash | ||
+ | #$ -N Test_Lammps | ||
+ | #$ -q E5_test | ||
+ | #$ -pe test_debian 4 | ||
+ | #$ -cwd | ||
+ | #$ -V | ||
+ | HOSTFILE=${TMPDIR}/ | ||
+ | |||
+ | cd ${SGE_O_WORKDIR} | ||
+ | |||
+ | ### configurer l' | ||
+ | module purge | ||
+ | module load LAMMPS/ | ||
+ | |||
+ | ### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ||
+ | PREFIX="/ | ||
+ | MPIRUN=" | ||
+ | |||
+ | $MPIRUN -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} lammps < in.lj > lammps_in.log | ||
+ | |||
+ | # fin | ||
+ | |||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | <code bash> | ||
+ | ccalugar@e5-2670comp1: | ||
+ | Your job 2534457 (" | ||
+ | ccalugar@e5-2670comp1: | ||
+ | job-ID | ||
+ | ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | ||
+ | 2534457 0.00000 Test_Lammp ccalugar | ||
+ | ccalugar@e5-2670comp1: | ||
+ | job-ID | ||
+ | ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | ||
+ | 2534457 0.07384 Test_Lammp ccalugar | ||
+ | ccalugar@e5-2670comp1: | ||
+ | job-ID | ||
+ | |||
+ | ccalugar@e5-2670comp1: | ||
+ | total 11 | ||
+ | -rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 494 Mar 27 17:01 script_LAMMPS | ||
+ | -rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 470 Mar 27 17:08 in.lj | ||
+ | -rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 0 Mar 27 17:08 Test_Lammps.pe2534457 | ||
+ | -rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 0 Mar 27 17:08 Test_Lammps.o2534457 | ||
+ | -rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 0 Mar 27 17:08 Test_Lammps.e2534457 | ||
+ | -rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 2602 Mar 27 17:08 log.lammps | ||
+ | -rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 2046 Mar 27 17:08 lammps_in.log | ||
+ | -rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 51 Mar 27 17:08 Test_Lammps.po2534457 | ||
+ | |||
+ | </ |