Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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documentation:tools:software:r [2019/10/03 14:11] – ltaulell | documentation:tools:software:r [2022/07/04 13:29] – [R 4.0] ltaulell | ||
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Ligne 1: | Ligne 1: | ||
====== R Statistical Computing ====== | ====== R Statistical Computing ====== | ||
+ | R is a free software environment for statistical computing and graphics. | ||
+ | ===== R 4.1 ===== | ||
+ | ^ Version | ||
+ | | 4.1.1 | GCC/ | ||
+ | | | **modulefile** : '' | ||
+ | < | ||
+ | ${SITE}=/ | ||
+ | </ | ||
- | ===== R 3.4.3 ===== | + | Pour utiliser les modules, consulter [[documentation: |
+ | |||
+ | === libraries | ||
+ | |||
+ | Pour cette version de R, il est maintenant conseillé d' | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===== R 4.0 ===== | ||
+ | ^ Version | ||
+ | | 4.0.4 | gcc 10.2.1-6 | ||
+ | | | **modulefile** : '' | ||
+ | | 4.0.3 | ||
+ | | | **modulefile** : '' | ||
+ | |||
+ | |||
+ | < | ||
+ | ${SITE}=/ | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | Pour utiliser les modules, consulter [[documentation: | ||
+ | |||
+ | === libraries === | ||
+ | |||
+ | Use '' | ||
+ | |||
+ | <note important> | ||
+ | ===== R 3.6 ===== | ||
+ | ^ Version | ||
+ | | 3.6.1 | GCC/ | ||
+ | | | **modulefile** : '' | ||
+ | |||
+ | < | ||
+ | ${SITE}=/ | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | Pour utiliser les modules, consulter [[documentation: | ||
+ | |||
+ | === libraries === | ||
+ | <WRAP col3> | ||
+ | |||
+ | * igraph | ||
+ | * ade4 | ||
+ | * ggplot2 | ||
+ | * seqinr | ||
+ | * multitaper | ||
+ | * doMC | ||
+ | * iterators | ||
+ | * foreach | ||
+ | * XNomial | ||
+ | * data.table | ||
+ | * devtools | ||
+ | * ape | ||
+ | * phangorn | ||
+ | |||
+ | * __Bioconductor(3.9)__ | ||
+ | * DESeq | ||
+ | * xtable | ||
+ | * BiocGenerics | ||
+ | * bsseq | ||
+ | * glmnet | ||
+ | * DSS | ||
+ | * Biobase | ||
+ | * DESeq2 | ||
+ | * EBSeq | ||
+ | * goseq | ||
+ | * memoise | ||
+ | * BiSeq | ||
+ | * DEXSeq | ||
+ | * GenomicRange | ||
+ | * GenomicAlignments | ||
+ | * Repitools | ||
+ | * Rsubread | ||
+ | * ggbio | ||
+ | * AnnotationDbi | ||
+ | * scone | ||
+ | * rtracklayer | ||
+ | |||
+ | * __Git__ | ||
+ | * methylKit | ||
+ | * goldmine | ||
+ | * < | ||
+ | * tailfindr | ||
+ | * Pasha | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===== R 3.4 ===== | ||
^ Version | ^ Version | ||
| 3.4.3 | GCC/ | | 3.4.3 | GCC/ | ||
Ligne 12: | Ligne 106: | ||
</ | </ | ||
+ | Pour utiliser les modules, consulter [[documentation: | ||
=== libraries === | === libraries === | ||
Ligne 67: | Ligne 162: | ||
${SITE}=/ | ${SITE}=/ | ||
</ | </ | ||
+ | |||
+ | Pour utiliser les modules, consulter [[documentation: | ||
=== libraries === | === libraries === | ||
Ligne 111: | Ligne 208: | ||
</ | </ | ||
- | Pour utiliser les modules, consulter [[documentation: | ||
+ | |||
+ | ===== Installation de Libraries dans votre /home ===== | ||
+ | |||
+ | <WRAP center round important 60%> | ||
+ | **Username** / **R_version** / **Package_name** sont respectivement à remplacer par : | ||
+ | * votre nom d' | ||
+ | * le bon numéro de version R //voir ci-dessus// | ||
+ | * le nom de votre package | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | **1/** Dans votre home, il faut créer un dossier : | ||
+ | mkdir / | ||
+ | |||
+ | **2/** Toujours dans votre home, vous devrez éditer votre fichier .profile et rajouter à la fin de ce dernier la ligne suivante : | ||
+ | export R_LIBS="/ | ||
+ | |||
+ | **3/** Sourcez ensuite votre .profile pour qu'il soit prit en compte : | ||
+ | source .profile | ||
+ | |||
+ | **4/** Chargez R sur votre session et lancez le : | ||
+ | module load R/R_version | ||
+ | R | ||
+ | |||
+ | **5/** Dans R, vous pouvez faire un : | ||
+ | .libPaths() | ||
+ | pour vérifier que votre .profile est bien prit en compte en obtenant : | ||
+ | [1] "/ | ||
+ | [2] "/ | ||
+ | |||
+ | **6/** Installez alors votre package avec le chemin de votre home comme suit : | ||
+ | install.packages(" | ||
+ | |||
+ | **7/** Enfin, il faudra charger le package : | ||
+ | library(Package_name) | ||
+ | |||
+ | A noter que les dépendances du package doivent être installées sur le PSMN ou dans votre ''/ | ||
+ | |||
+ | Il faudra également considérer le fait que votre package n' | ||
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