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R is a free software environment for statistical computing and graphics.
Version | Compilateur | chemin d'accès | OS |
---|---|---|---|
4.0.3 | GCC/8.2.0 | ${SITE}/Core/R/4.0.3/bin | Debian 9 |
modulefile : R/4.0.3 |
${SITE}=/applis/PSMN/debian9/software
Pour utiliser les modules, consulter Environment Modules
Use library()
and installed.packages()
to list all installed packages (on users's requests).
Version | Compilateur | chemin d'accès | OS |
---|---|---|---|
3.6.1 | GCC/7.2.0 | ${SITE}/Core/R/3.6.1/bin | Debian 9 |
modulefile : R/3.6.1 |
${SITE}=/applis/PSMN/debian9/software
Pour utiliser les modules, consulter Environment Modules
Version | Compilateur | chemin d'accès | OS |
---|---|---|---|
3.4.3 | GCC/7.2.0 | ${SITE}/Core/R/3.4.3/bin | Debian 9 |
modulefile : R/3.4.3 |
${SITE}=/applis/PSMN/debian9/software
Pour utiliser les modules, consulter Environment Modules
Version | Compilateur | chemin d'accès | OS |
---|---|---|---|
3.2.4 | GCC/7.2.0 | ${SITE}/Core/R/3.2.4/bin | Debian 9 |
modulefile : R/3.2.4 |
${SITE}=/applis/PSMN/debian9/software
Pour utiliser les modules, consulter Environment Modules
Les packages suivants (ainsi que leurs dépendances) sont installés :
1/ Dans votre home, il faut créer un dossier :
mkdir /home/Username/dossier_library_R
2/ Toujours dans votre home, vous devrez éditer votre fichier .profile et rajouter à la fin de ce dernier la ligne suivante :
export R_LIBS="/home/Username/dossier_library_R":$R_LIBS
3/ Sourcez ensuite votre .profile pour qu'il soit prit en compte :
source .profile
4/ Chargez R sur votre session et lancez le :
module load R/R_version R
5/ Dans R, vous pouvez faire un :
.libPaths()
pour vérifier que votre .profile est bien prit en compte en obtenant :
[1] "/home/Username/dossier_library_R" [2] "/applis/PSMN/debian9/software/Core/R/R_version/lib/R/library"
6/ Installez alors votre package avec le chemin de votre home comme suit :
install.packages("Package_name", lib="/home/Username/dossier_library_R")
7/ Enfin, il faudra charger le package :
library(Package_name)
A noter que les dépendances du package doivent être installées sur le PSMN ou dans votre /home.
Il faudra également considerer le fait que votre package n'entre pas en conflit avec des installations déjà existantes.