Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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documentation:tools:software:trimmomatic [2016/12/12 13:57] – ltaulell | documentation:tools:software:trimmomatic [2018/07/02 08:05] – [Trimmomatic] cpetit | ||
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====== Trimmomatic ====== | ====== Trimmomatic ====== | ||
+ | |||
+ | * a multithreaded command line tool that can be used to trim and crop Illumina (fastaq) data as well as to remove adapters. | ||
^ Version | ^ Version | ||
- | | 0.36 | N/A | N/A | /applis/PSMN/generic/Trimmomatic/ | + | | 0.36 | N/A | N/A | /usr/share/java/trimmomatic.jar | |
- | | | **modulefile** : Trimmomatic/ | + | | | **modulefile** : aucun |||| |
+ | <code bash> | ||
+ | # usage type | ||
+ | TRIMMOMATIC =/ | ||
+ | java -jar $TRIMMOMATIC PE/SE -options -de -trimm -o -matic | ||
+ | </ | ||
<code bash> | <code bash> | ||
- | module load Java/ | + | ## Example |
- | module load Trimmomatic/ | + | ## Quick start |
- | java -jar $TRIMMOMATIC | + | # Paired End |
+ | java -jar <path to trimmomatic.jar> | ||
</ | </ | ||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
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* http:// | * http:// | ||
+ |