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documentation:tools:software:trinity

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documentation:tools:software:trinity [2017/04/03 13:05] – [Site officiel] cpetitdocumentation:tools:software:trinity [2020/08/25 15:58] – modification externe 127.0.0.1
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 ====== Trinity ====== ====== Trinity ======
 +
 +  * assembles transcript sequences from Illumina RNA-Seq data.
  
 ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^ ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^
-|  2.3.2  |  gnu-4.7.2  |  N/A  |  /applis/PSMN/debian7/Trinity/2.3.2/  |  Debian 7  | +|  2.6.6  |  GCC/6.3.0  |  N/A  |  /applis/PSMN/debian9/software/Local/Trinity/2.6.6  |  Debian 9  | 
-| | **modulefile** : Trinity/2.3.2  |||| +| | **modulefile** : Trinity/2.6.6  |||| 
-|  2.1.1  |  gnu-4.7.2  |  N/A  |  /applis/PSMN/debian7/Trinity/2.1.1/  |  Debian 7  | +|  2.5.1  |  GCC/6.4.0 - OpenMPI/3.0.0  |  N/A  |  /applis/PSMN/debian9/software/Local/Trinity/2.5.1  |  Debian 9  | 
-| | **modulefile** : Trinity/2.1.1  |||| +| | **modulefile** : Trinity/2.5.1  |||| 
-|  2.0.6  |  gnu-4.7.2  |  N/A  |  /applis/PSMN/debian7/Trinity/trinityrnaseq_v2.0.6/  |  Debian 7  | +|  2.2.0  |  gcc-6.3.0  |  N/A  |  /usr/bin  |  Debian 9  | 
-| | **modulefile** : Trinity/2.0.6  |||| +| | **modulefile** : aucun  ||||
-|  r20140717  |  gnu-4.7.2  |  N/A  |  /applis/PSMN/debian7/Trinity/trinityrnaseq_r20140717/  |  Debian 7  | +
-| | **modulefile** : Trinity/r20140717  |||| +
-|  r20140413  |  gnu-4.7.2  |  N/A  |  /applis/PSMN/debian7/Trinity/trinityrnaseq_r20140413/  |  Debian 7  | +
-| | **modulefile** : Trinity/r20140413  ||||+
  
  
Ligne 42: Ligne 40:
  
 ### Modulefiles ### Modulefiles
-source /usr/share/modules/init/bash +source /usr/share/lmod/lmod/init/bash 
-module use /applis/PSMN/Modules +module load Trinity/2.5.1
-module load Base/psmn +
-module load Trinity/r20140413+
 # #
  
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 SCRATCHDIR=${SGE_O_WORKDIR/home/scratch} SCRATCHDIR=${SGE_O_WORKDIR/home/scratch}
 mkdir -p $SCRATCHDIR mkdir -p $SCRATCHDIR
- 
  
  
documentation/tools/software/trinity.txt · Dernière modification : 2022/09/13 12:36 de ltaulell
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