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Séminaires 2007

Discrete breathers in nonlinear network models of proteins

Orateur : Francesco Piazza, Laboratoire de Biophysique Statistique, ITP/SB, Ecole Politechnique Fédérale de Lausanne, Suisse
Salle : C023 (RDC LR6 côté CECAM)
Sujet :
Discrete breathers (DB) are spatially-localized, time-periodic vibrations that arise under general conditions in discrete nonlinear systems. While much is known concerning their existence and stability in spatially periodic media, much less is known about the interplay of nonlinearity and spatal heterogeneity in disordered (...)

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Conservative behavior of the biological complex system [Telomeres-Telomerase-Prolifération]

Orateur : Claire Wolfrom-Bienvenu, Dynamique Cellulaires et Modélisation, Laboratoire Développement, Morphogénèse et Evolution, Orsay
Salle : 118
Sujet :
Telomerase is an enzymatic multimolecular complex which has two known functions : 1) addition of [TTAGGG] repeats to telomeric DNA, counteracting normal mitotic erosion, and 2) activation of various genes controlling cell proliferation. The possible coordination of these two functions is a key issue in understanding the growth of cancer cells. (...)

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Linking molecular mechanisms to the organism’s physiology using transcriptomics

Orateur : Arndt Benecke, Institut des Hautes Etudes Scientifiques, Bures-sur-Yvette & systems epigenomics group, Interdisciplinary Research Institute, CNRS - Université de Lille
Salle : 118
Sujet :
During the past years new transcriptome profiling technology has become available that outperforms current state-of-the-art technology in terms of sensibility and reproducibility by an order of magnitude. Concomitantly, novel analysis methods have been developed that incorporate gene function (...)

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Electron-donor modified nanoparticles for selected cell labeling and photodynamic therapy

Orateur : Jay Nadeau, Department of Biomedical Engineering, McGill University, Montreal, Canada
Salle : Electron-donor modified nanoparticles for selected cell labeling and photodynamic therapy
Sujet :
Electron donors conjugated to semiconductor nanoparticles (quantum dots or QDs) have particular photophysical properties that make them interesting for the creation of biosensors and therapeutic agents. First, the transfer of an electron into the QD valence band eliminates exciton (...)

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Soutenance d’HDR:Les modes normaux de basse fréquence des protéines

Orateur : Yves-Henri Sanejouand, Laboratoire Joliot-Curie et Laboratoire de Physique, ENS-Lyon
Salle : Salle des thèses
Sujet :
Les mouvements de basse fréquence des protéines, tels qu’on peut les calculer via l’approximation des petits déplacements (approximation harmonique), ressemblent souvent beaucoup à leurs mouvements fonctionnels, tels qu’on peut les observer par cristallographie des rayons X. Ce résultat semble très robuste puisqu’il a été obtenu, tout d’abord, en partant d’une description (...)

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Human monoclonal antibodies against viruses and cancer

Orateur : Dimiter S. Dimitrov, Protein Interaction Group, Center for Cancer Research, National Cancer Institute at Frederick, MD, USA
Salle : C023 (RDC LR6 côté CECAM)
Sujet :
Sixty million people have been infected with HIV of whom twenty million have died. Emerging and biodefense-related viruses with SARS coronavirus as a recent example exert enormous psychological, health and economic impact ; in the past hundreds of millions have died from small pox. Cancer kills even more. The major goal (...)

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Vésicules biomimétiques à base de PIP2 pour étudier des interactions protéines membranes : application à une protéine de la famille des ERM (ezrine, radixine, moésine).

Orateur : Catherine Picart, Dynamique des Interactions Membranaires Normales et Pathologiques, Université de Montpellier 2
Salle : C023 (RDC LR6 côté CECAM)
Sujet :
L’interface entre la membrane plasmique et le cytosquelette est une structure dynamique qui participe à de multiples évènements cellulaires dont la morphogenèse, la motilité, et le bourgeonnement cellulaire. Etudier les interactions entre des protéines et la membrane plasmique dans des systèmes reconstitués in vitro permet de simplifier (...)

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Structural insights into base damage recognition and removal by the Fpg DNA glycosylase

Orateur : Bertrand Castaing, Centre de Biophysique Moléculaire, CNRS, Orléans
Salle : 118
Sujet :
The Formamidopyrimidine-DNA glycosylase (Fpg) is a base excision DNA repair enzyme which removes from damaged DNA oxidized purines such as 7,8-dihydro-8-oxoguanine (8-oxoG) and 2,6-diamino-4-hydroxy-5-formamidopyrimidine (FapyG). These base lesions are pro-mutagenic (G:C to T:A transversions) and constitute replication blocks, respectively. Strategies to solve crystal structures of the Fpg (...)

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Transcription by yeast RNA polymerase III and Chromatin Remodeling

Orateur : Purnima Bhargava, Center for Cellular and Molecular Biology, Hyderabad, India.
Salle : 118
Sujet :
In the budding yeast, 300 genes transcribed by RNA Polymerase III (pol III) give the short non-coding RNAs like tRNA, 5S rRNA etc. The basal transcription factor of pol III, TFIIIC, binds to the two intragenic promoter elements, boxes A and B and recruits the initiation factor TFIIIB 30 bp upstream of the transcription start site, which recruits pol III in turn. U6 snRNA is (...)

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Distinct roles of core histones, histone variants and linker histones in chromatin function

Orateur : Woojin An, Biochemistry and Molecular Biology, University of Southern California, Los Angeles
Salle : 117
Sujet :
The DNA in eukaryotic cells is hierarchically packaged by the four core histones H2A, H2B, H3 and H4 to form the highly repressive structure of chromatin. Regulation of DNA-dependent processes within this chromatin context requires remodeling activities that counterbalance this repressive nature of chromatin. Three major remodeling processes that regulate DNA (...)

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DNA : More than just a ladder

Orateur : Monique Marilley, Laboratoire de régulation génique et fonctionnelle et microscopie champ proche, Université de la Méditerranée, Marseille
Salle : 118
Sujet :
Dans les régions régulatrices du génome les différentes propriétés, qui découlent de la séquence nucléotidique, paraissent présenter un arrangement tridimensionnel spécifique. La connaissance de cette conformation particulière ainsi que de ses fluctuations pourrait fournir une clé pour mieux comprendre le fonctionnement des génomes. Nous (...)

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Chromatin dynamics in interphase

Orateur : Angelo Rosa, Institute for Biocomputation and Physics of Complex Systems, (BIFI), Zaragoza, Spain
Salle : 118
Sujet :
Genome of eukaryotes is organized in a set of several chromosomes which become visible during cell division, while the higher levels of DNA organization beyond the 30nm chromatin fiber appear to vanish during periodes of normal cell activity. Experimentally, the large-scale structure of decondensed chromosomes can be studied using Fluorescence in situ Hybridization (...)

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On the role of the retroviral Gag protein and the RNA in virus assembly

Orateur : Delphine Muriaux, Unité de Virologie Humaine, INSERM, ENS-Lyon
Salle : 118

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What determines the size of virus ?

Orateur : William Gelbart, The Virus Research Group, UCLA Department of Chemistry and Biochemistry, Los Angeles, USA
Salle : 118
Sujet :
The fact that the genomes of all viruses contain only a small number of genes (a few to a hundred), and that their protein capsids must be just large enough to protect them, implies a generic size of order 50 nm and — less obviously — icosahedral symmetry. Furthermore, the genomes of most bacterial viruses are double-stranded (ds) DNA, while those of (...)

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Cytoskeleton dynamics involved in cell morphology control and multicellular stability

Orateur : François Amblard, Physics of the cytoskeleton group, Institut Curie, CNRS, Paris
Salle : des Thèses
Sujet :
A growing set of data indicate that cytoskeleton components do turn-over quite rapidly in cells. We developped quantitative tools to investigate turn-over dynamics, and some results will be presented. The physiological significance of that turn-over remains an open question. Through some experimental results, I will discuss the notion and implications of a dynamic control of (...)

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Molecular mechanisms of gene transcription and DNA repair in living cells

Orateur : Adriaan Houtsmuller, Josephine Nefkens Institute, Erasmus University Rotterdam
Salle : des Thèses
Sujet :
The molecular mechanisms underlying DNA-interacting processes inside the living cell nucleus such as gene transcription and DNA repair are poorly understood. To address this issue, we use GFP-tagging of transcription factors, and DNA-repair enzymes and study their function in living cells with confocal time-lapse imaging and quantitative fluorescence assays such as (...)

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Models for the interaction between antibiotic peptides and lipid bilayers - Modèles pour l’interaction entre des peptides antibiotiques et des bicouches lipidiques

Orateur : Juan Elezgaray, Institut Européen de Chimie et Biologie, Pessac
Salle : 117
Sujet :
English
Cateslytin is a 15 residue cationic sequence with a global net charge of +5 containing five basic residues (arginines) and five hydrophobic residues. This peptide has been shown to display antimicrobial activity in the micromolar range and to have no detectable haemolytic activity at concentrations below 100 μM. We report on numerical simulations and patch clamp measurements showing that a (...)

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Small Molecule Modulators of Chromatin Modifying Enzymes : To Probe Eukaryotic Transcription and To Target Diseases

Orateur : Tapas K. Kundu, Transcription an Disease Laboratory and, Molecular Biology and Genetics Unit, Jawaharlal Nehru Centre for Advanced Scientific Research, Jakkur, Bangalore, India
Salle : 118
Sujet :
Human genes are organized into a highly compact dynamic nucleoprotein complex called chromatin, which consists of histones and associated non-histone proteins. Though apparently repressive, the precise organization of chromatin is essential for the entire DNA-templated phenomenon inside (...)

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Exploration électrochimique de la dynamique de brins courts d’ADN ancrés sur une surface

Orateur : Christophe Demaille, Equipe Systèmes Biomacromoléculaires - Transport d’électrons, Laboratoire d’électrochimie moléculaire, UMR CNRS - Paris 7
Salle : C023 (RDC LR6 côté CECAM)
Sujet :
Nous avons établi que la dynamique du mouvement de chaînes linéaires de polymère, ancrés sur une surface d’électrode, pouvait être caractérisée de manière quantitative par des techniques électrochimiques, à la seule condition que l’extrémité libre de la chaîne soit au préalable marquée par une sonde rédox [1]. Cette (...)

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The nucleosome : A transparent, slippery, sticky and yet stable DNA-protein complex

Orateur : Helmut Schiessel, Instituut-Lorentz, Universiteit Leiden, The Netherlands
Salle : C023 (RDC LR6 côté CECAM)
Sujet :
Roughly three quarter of eucaryotic DNA are tightly wrapped onto protein cylinders organized in so-called nucleosomes. Yet DNA is at the heart of many crucial life processes. I focus here on physical mechanisms that might allow nucleosomes to perform a great deal of such processes, specifically (1) on unwrapping fluctuations that give DNA-binding proteins access to the (...)

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Histone H1 is a architectural molecule required for chromatin compaction, and is redundant for gene repression

Orateur : Hugh Patterton, Laboratory of Epigenomics and DNA Function, Department of Biotechnology, University of the Free State, Bloemfontein, South Africa
Salle : 118
Sujet :
The linker histone binds to the outside of the nucleosome core, straddling two gyres of nucleosomal DNA at the entry/exit points of the nucleosome, and contacting the DNA close to the dyad axis and within the last helical turn of the nucleosome. The yeast Saccharomyces cerevisiae, a unicellular eukaryote, contains a (...)

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About multicenter redox enzymes, how they work, and how to study them using direct electrochemistry - Sur le fonctionnement des enzymes rédox multicentres et leur étude par électrochimie directe

Orateur : Christophe Léger, Laboratoire de Bioénergétique et Ingénierie des Protéines, CNRS, Marseille
Salle : C023 (RDC LR6 côté CECAM)
Sujet :
English
We are interested in studying the mechanism of enzymes which catalyse redox reactions involved in bacterial bioenergetic metabolisms.
A significant difference between the chemist’s synthetic inorganic catalysts and the large multicenter enzymes we study is that the mechanism of the latter involves a number of different steps (intramolecular and (...)

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Que cache la iCDR ? (interphase Centromere Damage Response)

Orateur : Patrick Lomonte, Equipe “Silencing Viral et Instabilité Centromérique”, Centre de Génétique Moléculaire et Cellulaire, Université Claude Bernard Lyon 1
Salle : C023 (RDC LR6 côté CECAM)
Sujet :
Le centromère interphasique est un domaine crucial pour l’assemblage du kinétochore au démarrage de la mitose. Cependant, la question de savoir si la structure du centromère est soumise à un contrôle “ qualité ” particulier durant l’interphase n’a jamais été envisagée. Notre modèle d’étude, la protéine (...)

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Function of C. elegans HP1 proteins in post-embryonic development

Orateur : Francesca Palladino, Equipe Régulation Epigénétique chez C. elegans, Laboratoire de Biologie Moléculaire de la Cellule, ENS-Lyon
Salle : C023 (RDC LR6 côté CECAM)
Sujet :
We are using the nematode C. elegans to study the epigenetic regulation of gene expression in a developmental context. Our studies are focused on the highly conserved HP1 protein, an essential player in the dynamic organization of nuclear architecture and transcriptional silencing. C. elegans contains two HP1 (...)

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Protéines : mécanique et fonction

Orateur : Richard Lavery, Institut de Biologie et de Chimie des Protéines, CNRS-Université de Lyon UMR 5086
Salle : C023 (RDC LR6 côté CECAM)
Sujet :
Les protéines sont des machines moléculaires remarquables, capables d’interagir (physiquement) et d’agir (chimiquement) très sélectivement avec d’autres molécules et macromolécules. Leurs structures constituent un élément important pour comprendre leur comportement, mais il faut aussi tenir compte de leurs capacités de se déformer pour mieux comprendre (...)

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The Hitchhikers Guide Through the Cytoplasm

Orateur : Igor Kulic, Division of Engineering and Applied Sciences, Harvard University, Cambridge, USA
Salle : des thèses
Sujet :
Cellular cargos are moved by attached molecular motors through the cytoplasm along rigid and immobile microtubules. At least that’s the textbook version of our present understanding of the intracellular transport. However a peculiar but very common phenomenon called ’bidirectional transport’ seems to defy a simple explanation within this textbook framework. This (...)

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Sequence rules for nucleosome positioning and chromatin architecture

Orateur : Edward N. Trifonov, Genome Diversity Center, Institute of Evolution, University of Haifa, Israel
Salle : C023 (RDC LR6 côté CECAM)
Sujet :
It is commonly believed that the sequence pattern responsible for nucleosome positioning is periodical alternation of AA and TT dinucleotides. While it is true, indeed, for the nucleosomes of yeast, human nucleosomes display a very different pattern - periodicity of GG and CC dinucleotides. Actually, there are at least four patterns, all suitable (...)

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