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Abinit
update needed
| Version | Compilateur | Interconnexion | chemin d'accès | OS | modèle de configuration |
|---|
| 8.6.3 | openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6 | Infiniband | /applis/PSMN/debian9/software/Local/ABINIT/8.6.3/openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6/bin | Debian 9 | modulefile ABINIT/8.6.3/openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6 |
| 8.6.3 | openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6-mkl-2017.4 | Infiniband | /applis/PSMN/debian9/software/Local/ABINIT/8.6.3/openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6/bin | Debian 9 | modulefile ABINIT/8.6.3/openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6-mkl-2017.4 |
| 8.10.3 | openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6-mkl-2017.4 | Infiniband | /applis/PSMN/debian9/software/Local/ABINIT/8.10.3/openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6-mkl-2017.4/bin | Debian 9 | modulefile ABINIT/8.10.3/openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6-mkl-2017.4 |
Pour utiliser les modulefiles, consulter Environment Modules
Site officiel
Script de soumission (exemple)
- Pour les files d'attente du cluster Equip@méso, avec /scratch commun glusterfs
qsub parexemple.sh
<code bash parexemple.sh> #!/bin/bash ### shell du job: #$ -S /bin/bash ### nom du job: #$ -N pouet ### files d'attente: #$ -q E5-2670deb64Z ### parallel environnement & nslots #$ -pe mpi16_debian 48 ### charge l'environnement utilisateur pour SGE #$ -cwd ### exporte les variables d'environnement sur les noeuds d'exécution #$ -V
HOMEDIR=$SGE_O_WORKDIR
## charge l'env source /usr/share/modules/init/bash module use /applis/PSMN/Modules module load Base/psmn module load Abinit/7.6.4
HOSTFILE=$TMPDIR/machines
cd $HOMEDIR
mpirun -np $NSLOTS -hostfile $HOSTFILE abinit-mpi < in.file > out.log