TopHat 2

  • a fast splice junction mapper for RNA-Seq reads.
Version Compilateur Interconnexion chemin d'accès OS
2.1.1 N/A N/A /usr/bin Debian 9
modulefile : aucun
Please note that TopHat has entered a low maintenance, low support stage as it is now largely superseded by HISAT2 which provides the same core functionality (i.e. spliced alignment of RNA-Seq reads), in a more accurate and much more efficient way.

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Version Compilateur Interconnexion chemin d'accès OS
2.1.1 N/A N/A /applis/PSMN/generic/TopHat/2.1.1/x86_64 generic
modulefile : TopHat/2.1.1
2.0.13 N/A N/A /applis/PSMN/generic/TopHat/2.0.13/x86_64 generic
modulefile : TopHat/2.0.13

La dépendance sur Bowtie (2.2.4 ou 2.2.9 ) est incluse dans les modulefiles.

Pour utiliser les modules, consulter Environment Modules

TopHat 2.1.1 ne compile qu'avec GCC 5.4.0 (on ne peut pas utiliser une version plus récente du compilateur…)

Site officiel

documentation/tools/software/tophat.txt · Dernière modification: 2020/08/25 17:58 (modification externe)