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documentation:tools:software:augustus

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documentation:tools:software:augustus [2017/03/20 14:05] – cpetitdocumentation:tools:software:augustus [2020/08/25 15:58] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1
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-====== Augustus ======+====== AUGUSTUS ======
  
-  * AUGUSTUS is a program that predicts genes in eukaryotic genomic sequences+  * a program that predicts genes in eukaryotic genomic sequences.
  
 ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^ ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^
-|  3.2.3  |  gnu-4.9.3  |  N/A  |  /applis/PSMN/debian7/Augustus/3.2.3/  |  Debian 7  | +|  3.2.3  |  gcc 6.3.0  |  N/A  |  /usr/bin/  |  Debian 9  | 
-| | **modulefile** : Augustus/3.2.3  |||| +| | **system-wide**   |||| 
-|  3.1  |  gnu-4.7.2  |  N/A  |  /applis/PSMN/debian7/Augustus/3.1/  |  Debian 7  | + 
-| | **modulefile** : Augustus/3.1  ||||+<note info> 
 +As ''/usr/share/augustus/config'' is read-only and Augustus may need to write into it (in learning mode), you can copy this ''config'' directory into your ''$HOME'' and export or modify global environment variable ''$AUGUSTUS_CONFIG_PATH'' to this new path. 
 + 
 +<code bash> 
 +export AUGUSTUS_CONFIG_PATH=${HOME}/path/to/config 
 +</code> 
 +</note>
  
  
 Pour utiliser les modulefiles, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]] Pour utiliser les modulefiles, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]]
  
-{{INLINETOC}} 
  
  
-<note important> +
-As ''/applis/PSMN/debian7/Augustus/<version>/config/'' is read-only and Augustus may need to write into it (in learning mode), you can copy this ''config'' directory into your ''$HOME'' and export or modify global environment variable ''$AUGUSTUS_CONFIG_PATH'' to this new path. +
-</note>+
  
 ==== Doc Admin-sys PSMN ==== ==== Doc Admin-sys PSMN ====
  
   * http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/   * http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/
 +  * http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/binaries/
 +
 +
 +
 +
documentation/tools/software/augustus.1490018747.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)
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