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documentation:tools:software:braker

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documentation:tools:software:braker [2017/01/24 13:19] – ltaulelldocumentation:tools:software:braker [2020/08/25 15:58] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1
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-====== Braker ======+====== BRAKER ====== 
 + 
 +  * Unsupervised RNA-Seq-based genome annotation
  
 ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^ ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^
-|  1.9  |  N/A  |  N/A  |  /applis/PSMN/generic/Braker/1.9/bin  |  Generic  | +|  2.0.3  |  N/A  |  N/A  |  ''/applis/PSMN/generic/BRAKER/2.0.3/bin''  |  Generic  | 
-| | **modulefile** : Braker/1.9  ||||+| | **modulefile** : BRAKER/2.0.3  |||| 
 + 
 + 
 + 
  
 Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]] Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]]
  
-===== Usage on PSMN ===== 
  
-Braker 1.9 need additionals PERL modules installable from CPAN (see [[documentation:tools:langages:perl5|Perl5]] for CPAN installation/configuration ):+==== Usage on PSMN ==== 
 + 
 +Braker needs additionals PERL modules installable from CPAN (see [[documentation:tools:langages:perl5|Perl5]] for CPAN installation/configuration ):
  
 <code perl> <code perl>
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 > install Logger::Simple > install Logger::Simple
 > install Module::Load::Conditional > install Module::Load::Conditional
 +> install Sub::Uplevel
 > install Parallel::ForkManager > install Parallel::ForkManager
-> install POSIX 
 > install Scalar::Util::Numeric > install Scalar::Util::Numeric
-> install YAML+#> install YAML (core module) 
 +#> install POSIX (core module)
 </code> </code>
  
-See also [[documentation:tools:software:augustus|Augustus]] for additional configuration about ''--AUGUSTUS_CONFIG_PATH''.+See also [[documentation:tools:software:augustus|Augustus]] for additional configuration of ''--AUGUSTUS_CONFIG_PATH'' variable. 
 + 
 + 
 +==== General usage ==== 
 + 
 +[[documentation:tools:software:augustus|AUGUSTUS]] and [[documentation:tools:software:genemark|GeneMark-ET]]  are required for BRAKER. 
 + 
  
 +===== Site officiel =====
  
 +  * http://exon.gatech.edu/braker1.html
 +  * http://bioinf.uni-greifswald.de/bioinf/braker/index.html
documentation/tools/software/braker.1485263962.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)
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