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documentation:tools:software:braker [2018/01/30 10:42] – [Braker] cpetitdocumentation:tools:software:braker [2020/08/25 15:58] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1
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-====== Braker ======+====== BRAKER ======
  
   * Unsupervised RNA-Seq-based genome annotation   * Unsupervised RNA-Seq-based genome annotation
  
 ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^ ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^
-|  2.0.3  |  N/A  |  N/A  |  ''${APPLIS}/Local/BRAKER/2.0.3/bin  |  Generic  |+|  2.0.3  |  N/A  |  N/A  |  ''/applis/PSMN/generic/BRAKER/2.0.3/bin''   Generic  |
 | | **modulefile** : BRAKER/2.0.3  |||| | | **modulefile** : BRAKER/2.0.3  ||||
-|  1.9  |  N/A  |  N/A  |  /applis/PSMN/generic/Braker/1.9/bin  |  Generic  | 
-| | **modulefile** : BRAKER/1.9  |||| 
  
  
-<code bash>APPLIS=/applis/PSMN/debian9/software</code>+ 
  
 Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]] Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]]
  
  
-===== Usage on PSMN =====+==== Usage on PSMN ====
  
-Braker 1.9 need additionals PERL modules installable from CPAN (see [[documentation:tools:langages:perl5|Perl5]] for CPAN installation/configuration ):+Braker needs additionals PERL modules installable from CPAN (see [[documentation:tools:langages:perl5|Perl5]] for CPAN installation/configuration ):
  
 <code perl> <code perl>
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 See also [[documentation:tools:software:augustus|Augustus]] for additional configuration of ''--AUGUSTUS_CONFIG_PATH'' variable. See also [[documentation:tools:software:augustus|Augustus]] for additional configuration of ''--AUGUSTUS_CONFIG_PATH'' variable.
 +
 +
 +==== General usage ====
 +
 +[[documentation:tools:software:augustus|AUGUSTUS]] and [[documentation:tools:software:genemark|GeneMark-ET]]  are required for BRAKER.
 +
 +
  
 ===== Site officiel ===== ===== Site officiel =====
  
   * http://exon.gatech.edu/braker1.html   * http://exon.gatech.edu/braker1.html
 +  * http://bioinf.uni-greifswald.de/bioinf/braker/index.html
documentation/tools/software/braker.1517308940.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)