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documentation:tools:software:breseq [2017/03/28 07:54] cpetitdocumentation:tools:software:breseq [2020/08/25 15:58] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1
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 ====== breseq ====== ====== breseq ======
  
-  * breseq is a computational pipeline for finding mutations relative to a reference sequence in short-read DNA re-sequencing data for haploid microbial-sized genomes. +  * a computational pipeline for finding mutations relative to a reference sequence in short-read DNA re-sequencing data for haploid microbial-sized genomes. 
  
 ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^ ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^
-|  0.26. |  gnu-4.7.2   N/A  |  /applis/PSMN/debian7/breseq/0.26.  Debian  | +|  0.32. |  N/A   N/A  |  ''${APPLIS}/Core/breseq/0.32.0''   Debian  | 
-| | **modulefile** : breseq/0.26. ||||+| | **modulefile** : ''breseq/0.32.0''  ||||
  
 Pour utiliser les modulefiles, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]] Pour utiliser les modulefiles, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]]
  
-{{INLINETOC}}+<code bash>APPLIS=/applis/PSMN/debian9/software</code>
  
  
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   * http://barricklab.org/twiki/pub/Lab/ToolsBacterialGenomeResequencing/documentation/index.html   * http://barricklab.org/twiki/pub/Lab/ToolsBacterialGenomeResequencing/documentation/index.html
  
-Dépendances sur ''Bowtie/2.2.4'' et ''R/3.2.0'' inclusent dans le modulefile.+Dépendances sur ''Bowtie2/2.3.3'' et ''R/3.4.3'' inclusent dans le modulefile.
  
  
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   * http://barricklab.org/twiki/bin/view/Lab/ToolsBacterialGenomeResequencing   * http://barricklab.org/twiki/bin/view/Lab/ToolsBacterialGenomeResequencing
 +  * https://github.com/barricklab/breseq
  
documentation/tools/software/breseq.1490687647.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)