Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

Lien vers cette vue comparative

Les deux révisions précédentesRévision précédente
Prochaine révision
Révision précédente
documentation:tools:software:canu [2017/01/23 11:30] ltaulelldocumentation:tools:software:canu [2020/08/25 15:58] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1
Ligne 3: Ligne 3:
  
 ====== Canu ====== ====== Canu ======
 +
 +  * a fork of the [[documentation:tools:software:celera-wgs|Celera Assembler]] designed for high-noise single-molecule sequencing (such as the PacBio RSII or Oxford Nanopore MinION).
  
 ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^ ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^
-|  1.4  |  N/A  |  N/A  |  /applis/PSMN/generic/Canu/1.4/Linux-amd64  |  Debian 7  |+|  1.4  |  N/A  |  N/A  |  /applis/PSMN/generic/Canu/1.4/Linux-amd64  |  Generic  |
 | | **modulefile** : Canu/1.4  |||| | | **modulefile** : Canu/1.4  ||||
  
 Pour utiliser les modulefiles, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]] Pour utiliser les modulefiles, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]]
  
-<note important>Les jobs Canu doivent **impérativement** être soumis à la file d'attente ''celera'' et utiliser le [[documentation:tutorials:scratch|scratch global]] E5</note>+<note important>Les jobs Canu doivent **impérativement** être soumis à la file d'attente ''celera'' et utiliser le [[documentation:tutorials:scratch|scratch global]] E5N</note>
  
   * canu.defaults "system-wide"   * canu.defaults "system-wide"
  
 <code> <code>
-maxMemory=256 +maxMemory = 250 
-maxThreads=16 +maxThreads = 16 
-useGrid=remote +useGrid = remote 
-gridEngine=sge +gridEngine = sge 
-gridEngineArrayMaxJobs=7500 +gridEngineArrayMaxJobs = 7500 
-gridEngineThreadsOption="-pe openmp16 16"+gridEngineThreadsOption = -pe openmp16 THREADS 
 +gridEngineMemoryOption = -l h_vmem=MEMORY
 </code> </code>
  
-{{INLINETOC}}+
  
  
Ligne 31: Ligne 34:
  
   * https://github.com/marbl/canu   * https://github.com/marbl/canu
-  * http://canu.readthedocs.io/en/stable/+  * http://canu.readthedocs.io/en/stable/index.html 
 + 
documentation/tools/software/canu.1485171055.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)