Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

Lien vers cette vue comparative

Les deux révisions précédentesRévision précédente
Prochaine révision
Révision précédente
documentation:tools:software:namd [2016/01/29 06:35] – [Exemples d'utilisation au PSMN] cicalugadocumentation:tools:software:namd [2020/08/25 15:58] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1
Ligne 1: Ligne 1:
 ====== NAMD ====== ====== NAMD ======
  
-====== NAMD 2.11 ======+===== NAMD 2.13 =====
  
 NAMD vient en 5 versions : NAMD vient en 5 versions :
  
-^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès   OS  ^ +^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès 
-|  2.11   N/A  |  N/A  |  /applis/PSMN/generic/NAMD/2.11/NAMD_2.11_Linux-x86_64-multicore/   Debian 7  | +|  2.13   N/A  |  N/A  |  ${APPLIS}/NAMD_2.13_Linux-x86_64-multicore/ 
-| | **modulefile** : NAMD/2.11-multicore  |||| +| | **modulefile** : NAMD/multicore/2.13  ||| 
-|  2.11   N/A  |  N/A  |  /applis/PSMN/generic/NAMD/2.11/NAMD_2.11_Linux-x86_64-multicore-CUDA/   Debian 7 +GPU  | +|  2.13   N/A  |  N/A  |  ${APPLIS}/NAMD_2.13_Linux-x86_64-multicore-CUDA/ 
-| | **modulefile** : NAMD/2.11-multicore-CUDA  |||| +| | **modulefile** : NAMD/multicore+CUDA/2.13  ||| 
-|  2.11   N/A  |  Infiniband  |  /applis/PSMN/generic/NAMD/2.11/NAMD_2.11_Linux-x86_64-ibverbs   Debian 7  | +|  2.13   N/A  |  Infiniband  |  ${APPLIS}/NAMD_2.13_Linux-x86_64-ibverbs | 
-| | **modulefile** : NAMD/2.11-ibverbs  |||| +| | **modulefile** : NAMD/ibverbs/2.13  ||| 
-|  2.11   N/A  |  Infiniband  |  /applis/PSMN/generic/NAMD/2.11/NAMD_2.11_Linux-x86_64-ibverbs-smp   Debian 7  | +|  2.13   N/A  |  Infiniband  |  ${APPLIS}/NAMD_2.13_Linux-x86_64-ibverbs-smp | 
-| | **modulefile** : NAMD/2.11-ibverbs-smp  |||| +| | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp/2.13  ||| 
-|  2.11   N/A  |  Infiniband  |  /applis/PSMN/generic/NAMD/2.11/NAMD_2.11_Linux-x86_64-ibverbs-smp-CUDA   Debian 7 +GPU  | +|  2.13   N/A  |  Infiniband  |  ${APPLIS}/NAMD_2.13_Linux-x86_64-ibverbs-smp-CUDA | 
-| | **modulefile** : NAMD/2.11-ibverbs-smp-CUDA  ||||+| | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp+CUDA/2.13  |||
  
-Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]] +Avec ''${APPLIS}'' = ''/applis/PSMN/generic/NAMD/2.13/''
-====== NAMD 2.9 ======+ 
 +Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environnement Modules]] 
 + 
 +Note : Les versions NAMD CUDA nécessitent un GPU. Pour bien choisir les files d'attente à utiliser, veuillez vous référer à la page décrivant [[documentation:clusters:batch&#les_files_d_attente|les files d'attente (queues)]] (rubrique "Les files d'attente GPGPU"). 
 + 
 + 
 + 
 +===== NAMD 2.12 =====
  
 NAMD vient en 5 versions : NAMD vient en 5 versions :
  
-^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès   OS  ^ +^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès 
-|  2.  N/A  |  N/A  |  /applis/PSMN/generic/NAMD/2.9/NAMD_2.9_Linux-x86_64-multicore/  |  Debian 7  | +|  2.12   N/A  |  N/A  |  ${APPLIS}/NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore | 
-| | **modulefile** : NAMD/2.9-multicore  |||| +| | **modulefile** : NAMD/multicore/2.12  ||| 
-|  2.  N/A  |  N/A  |  /applis/PSMN/generic/NAMD/2.9/NAMD_2.9_Linux-x86_64-multicore-CUDA  Debian 7 +GPU  | +|  2.12  |  N/A  |  N/A  |  ${APPLIS}/NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore-CUDA/  | 
-| | **modulefile** : NAMD/2.9-multicore-CUDA  |||| +| | **modulefile** : NAMD/multicore+CUDA/2.12  ||| 
-|  2.  N/A  |  Infiniband  |  /applis/PSMN/generic/NAMD/2.9/NAMD_2.9_Linux-x86_64-ibverbs   Debian 7  | +|  2.12  |  N/A  |  Infiniband  |  ${APPLIS}/NAMD_2.12_Linux-x86_64-ibverbs/  | 
-| | **modulefile** : NAMD/2.9-ibverbs  |||| +| | **modulefile** : NAMD/ibverbs/2.12  ||| 
-|  2.  N/A  |  Infiniband  |  /applis/PSMN/generic/NAMD/2.9/NAMD_2.9_Linux-x86_64-ibverbs-smp  |  Debian 7  | +|  2.12   N/A   Infiniband  |  ${APPLIS}/NAMD_2.12_Linux-x86_64-ibverbs-smp/ 
-| | **modulefile** : NAMD/2.9-ibverbs-smp  |||| +| | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp/2.12  ||| 
-|  2.9  |  N/A  |  Infiniband  |  /applis/PSMN/generic/NAMD/2.9/NAMD_2.9_Linux-x86_64-ibverbs-smp-CUDA  |  Debian 7 +GPU  | +|  2.12   N/A  |  Infiniband  |  ${APPLIS}/NAMD_2.12_Linux-x86_64-ibverbs-smp-CUDA/ 
-| | **modulefile** : NAMD/2.9-ibverbs-smp-CUDA  ||||+| | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp+CUDA/2.12  ||| 
 + 
 +Avec ''${APPLIS}'' = ''/applis/PSMN/generic/NAMD/2.12/''
 + 
 +Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environnement Modules]] 
 + 
 +Note : Les versions NAMD CUDA nécessitent un GPU. Pour bien choisir les files d'attente à utiliser, veuillez vous référer à la page décrivant [[documentation:clusters:batch&#les_files_d_attente|les files d'attente (queues)]] (rubrique "Les files d'attente GPGPU"). 
 + 
 + 
 +===== NAMD 2.11 ===== 
 + 
 +NAMD vient en 5 versions : 
 + 
 +^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès 
 +|  2.11  |  N/A  |  N/A  |  ${APPLIS}/NAMD_2.11_Linux-x86_64-multicore/ 
 +| | **modulefile** : NAMD/multicore/2.11  ||| 
 +|  2.11  |  N/A  |  N/A  |  ${APPLIS}/NAMD_2.11_Linux-x86_64-multicore-CUDA | 
 +| | **modulefile** : NAMD/multicore+CUDA/2.11  ||| 
 +|  2.11   N/A  |  Infiniband  |  ${APPLIS}/NAMD_2.11_Linux-x86_64-ibverbs | 
 +| | **modulefile** : NAMD/ibverbs/2.11  ||| 
 +|  2.11  |  N/A  |  Infiniband  |  ${APPLIS}/NAMD_2.11_Linux-x86_64-ibverbs-smp/  | 
 +| | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp/2.11  ||| 
 +|  2.11   N/A  |  Infiniband  |  ${APPLIS}/NAMD_2.11_Linux-x86_64-ibverbs-smp-CUDA/ 
 +| | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp+CUDA/2.11  ||| 
 + 
 +Avec ''${APPLIS}'' = ''/applis/PSMN/generic/NAMD/2.11/''
 + 
 +Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environnement Modules]] 
 + 
 +Note : Les versions NAMD CUDA nécessitent un GPU. Pour bien choisir les files d'attente à utiliser, veuillez vous référer à la page décrivant [[documentation:clusters:batch&#les_files_d_attente|les files d'attente (queues)]] (rubrique "Les files d'attente GPGPU"). 
 + 
 +===== NAMD 2.09 ===== 
 + 
 +NAMD vient en 5 versions : 
 + 
 +^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès 
 +|  2.9   N/A  |  N/A  |  ${APPLIS}/NAMD_2.9_Linux-x86_64-multicore/  |  
 +| | **modulefile** : NAMD/multicore/2.09  ||| 
 +|  2.9  |  N/A  |  N/A  |  ${APPLIS}/NAMD_2.9_Linux-x86_64-multicore-CUDA/   
 +| | **modulefile** : NAMD/multicore+CUDA/2.09  ||| 
 +|  2.9  |  N/A  |  Infiniband  |  ${APPLIS}/NAMD_2.9_Linux-x86_64-ibverbs |  
 +| | **modulefile** : NAMD/ibverbs/2.09  ||| 
 +|  2.9  |  N/A  |  Infiniband  |  ${APPLIS}/NAMD_2.9_Linux-x86_64-ibverbs-smp |  
 +| | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp/2.09  ||| 
 +|  2.9  |  N/A  |  Infiniband  |  ${APPLIS}/NAMD_2.9_Linux-x86_64-ibverbs-smp-CUDA  
 +| | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp+CUDA/2.09  ||| 
 + 
 +Avec ''${APPLIS}'' = ''/applis/PSMN/generic/NAMD/2.9/''
 + 
 + 
 +Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environnement Modules]]
  
 +Note : Les versions NAMD CUDA nécessitent un GPU. Pour bien choisir les files d'attente à utiliser, veuillez vous référer à la page décrivant [[documentation:clusters:batch&#les_files_d_attente|les files d'attente (queues)]] (rubrique "Les files d'attente GPGPU").
  
-Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]] 
  
-{{INLINETOC}} 
  
 ===== Site officiel ===== ===== Site officiel =====
  
   * http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/   * http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/
 +
 +
  
  
Ligne 52: Ligne 110:
 Pour le mode "batch" (c.à.d. utilisation des queues, que se soit des queues de test ou de production), il suffirait d'insérer les commandes ci-dessous (chargement du module et la commande d'exécution namd2) dans un script de soumission et de soumettre ce script. Pour le mode "batch" (c.à.d. utilisation des queues, que se soit des queues de test ou de production), il suffirait d'insérer les commandes ci-dessous (chargement du module et la commande d'exécution namd2) dans un script de soumission et de soumettre ce script.
  
-  - créer un répertoire de test et travailler là-dedans : <code bash> +  - créer un répertoire de test et travailler dedans : <code bash> 
      mkdir $HOME/test_namd      mkdir $HOME/test_namd
      cd $HOME/test_namd </code>      cd $HOME/test_namd </code>
Ligne 61: Ligne 119:
      cd namd-tutorial-files/1-2-sphere </code>      cd namd-tutorial-files/1-2-sphere </code>
   - charger le module correspondant à la version de NAMD désirée (dans la liste ci-dessus). Par exemple : <code bash>    - charger le module correspondant à la version de NAMD désirée (dans la liste ci-dessus). Par exemple : <code bash> 
-     module load NAMD/2.11-multicore </code>+     module load NAMD/multicore/2.11 </code>
   - exécuter NAMD en local (rappel : ce mode d'exécution n'est permis que pour des petits test, pour la production, il est obligatoire d'utiliser le système de queues). **Le mode séquentiel** est obtenu par : <code bash>    - exécuter NAMD en local (rappel : ce mode d'exécution n'est permis que pour des petits test, pour la production, il est obligatoire d'utiliser le système de queues). **Le mode séquentiel** est obtenu par : <code bash> 
      namd2 ubq_ws_eq.conf > ubq_ws_eq.log </code>       namd2 ubq_ws_eq.conf > ubq_ws_eq.log </code> 
-  - vous pouvez suivre l'exécution (et le ressources utilisées p.ex. charge CPU et mémoire) en lançant la commande top dans un autre terminal ou bien en surveillant le fichier de sortie en temps réel : <code bash> +  - vous pouvez suivre l'exécution (et les ressources utilisées p.ex. charge CPU et mémoire) en lançant la commande top dans un autre terminal ou bien en surveillant le fichier de sortie en temps réel : <code bash> 
     tail -f ubq_ws_eq_sequentiel.log </code>      tail -f ubq_ws_eq_sequentiel.log </code> 
   - à la fin de l'exécution, on peut voir la consommation en temps CPU et mémoire retournées par NAMD dans le fichier de sortie : <code bash>    - à la fin de l'exécution, on peut voir la consommation en temps CPU et mémoire retournées par NAMD dans le fichier de sortie : <code bash> 
Ligne 76: Ligne 134:
      WallClock: 24.876143  CPUTime: 24.876143  Memory: 313.214844 MB      WallClock: 24.876143  CPUTime: 24.876143  Memory: 313.214844 MB
      [Partition 0][Node 0] End of program </code>      [Partition 0][Node 0] End of program </code>
-  - Pour utiliser la **version multithread avec des GPUs** (sur les serveurs qui disposent de telles cartes, pour ces test le serveur r730visu a été utilisé) : <code bash>  +  - Pour utiliser la **version multithread avec des GPUs** (sur les serveurs qui disposent de telles cartes, pour ces tests le serveur r730visu a été utilisé) : <code bash>  
-     module load NAMD/2.11-multicore-CUDA +     module load NAMD/multicore+CUDA/2.11
      namd2 +p4 +setcpuaffinity +devices 0,1 ubq_ws_eq.conf > ubq_ws_eq_4cores_2GPUs.log</code>      namd2 +p4 +setcpuaffinity +devices 0,1 ubq_ws_eq.conf > ubq_ws_eq_4cores_2GPUs.log</code>
   - En plus de la commande top (pour suivre la charge CPU), on peut suivre l'utilisation des ressources GPU en utilisant la commande suivante (refresh tous les secondes) dans un autre terminal : <code bash>    - En plus de la commande top (pour suivre la charge CPU), on peut suivre l'utilisation des ressources GPU en utilisant la commande suivante (refresh tous les secondes) dans un autre terminal : <code bash> 
Ligne 89: Ligne 147:
 Remarques : Remarques :
  
-  * D'autres options sont possibles à l'exécution pour l'exécution de namd2 et leur utilisation pourrait diminuer la durée de l'exécution. Par exemple, l'option +setcpuaffinity pourrait être utilisée et bénéfique pour la version multidread (avec ou sans GPU). Plus des détails sur ces options et d'autres possibilités d'utilisation NAMD se trouvent dans le fichier notes.txt du répertoire d'installation (voir le chemins d'installation dans les tableaux ci-dessous). +  * D'autres options sont possibles à l'exécution pour l'exécution de namd2 et leur utilisation pourrait diminuer la durée de l'exécution. Par exemple, l'option +setcpuaffinity pourrait être utilisée et bénéfique pour la version multidread (avec ou sans GPU). Plus des détails sur ces options et d'autres possibilités d'utilisation NAMD se trouvent dans le fichier notes.txt du répertoire d'installation (voir le chemin d'installation dans les tableaux ci-dessus). 
-  * Pour la version NAMD 2.9, le lancement de la version multhidread (avec sans CUDA) était légèrement différente. Par exemple, pour multithread+CUDA: <code bash>  + 
-namd2 +idlepoll +p4 +devices 0,1 ubq_ws_eq.conf </code> (pour plus de détails, référez vous à nouveau au fichier notes.txt, du répertoire d'installation+  * Pour la version NAMD 2.9, le lancement de la version multithread (avec ou sans CUDA) était légèrement différente. Par exemple, pour multithread+CUDA: <code bash>  
 +namd2 +idlepoll +p4 +devices 0,1 ubq_ws_eq.conf </code> (pour plus de détails, référez vous à nouveau au fichier notes.txt, du répertoire d'installation (voir le chemin d'installation dans les tableaux ci-dessus).
documentation/tools/software/namd.1454049315.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)