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NAMD vient en 5 versions :
Version | Compilateur | Interconnexion | chemin d'accès | OS |
---|---|---|---|---|
2.11 | N/A | N/A | /applis/PSMN/generic/NAMD/2.11/NAMD_2.11_Linux-x86_64-multicore/ | Debian 7 |
modulefile : NAMD/2.11-multicore | ||||
2.11 | N/A | N/A | /applis/PSMN/generic/NAMD/2.11/NAMD_2.11_Linux-x86_64-multicore-CUDA/ | Debian 7 +GPU |
modulefile : NAMD/2.11-multicore-CUDA | ||||
2.11 | N/A | Infiniband | /applis/PSMN/generic/NAMD/2.11/NAMD_2.11_Linux-x86_64-ibverbs | Debian 7 |
modulefile : NAMD/2.11-ibverbs | ||||
2.11 | N/A | Infiniband | /applis/PSMN/generic/NAMD/2.11/NAMD_2.11_Linux-x86_64-ibverbs-smp | Debian 7 |
modulefile : NAMD/2.11-ibverbs-smp | ||||
2.11 | N/A | Infiniband | /applis/PSMN/generic/NAMD/2.11/NAMD_2.11_Linux-x86_64-ibverbs-smp-CUDA | Debian 7 +GPU |
modulefile : NAMD/2.11-ibverbs-smp-CUDA |
Pour utiliser les modules, consulter Environment Modules
Note : Les versions NAMD 2.11 sur GPUs nécessitent le driver CUDA 6.0. Certains noeuds ne disposent pas encore de cette version de driver. Pour vérifier la version de driver CUDA installée et bien choisir les queues à utiliser, veuillez vous référer à la page décrivant les files d'attente (queues) (rubrique “Les files d'attente GPGPU”).
NAMD vient en 5 versions :
Version | Compilateur | Interconnexion | chemin d'accès | OS |
---|---|---|---|---|
2.9 | N/A | N/A | /applis/PSMN/generic/NAMD/2.9/NAMD_2.9_Linux-x86_64-multicore/ | Debian 7 |
modulefile : NAMD/2.9-multicore | ||||
2.9 | N/A | N/A | /applis/PSMN/generic/NAMD/2.9/NAMD_2.9_Linux-x86_64-multicore-CUDA/ | Debian 7 +GPU |
modulefile : NAMD/2.9-multicore-CUDA | ||||
2.9 | N/A | Infiniband | /applis/PSMN/generic/NAMD/2.9/NAMD_2.9_Linux-x86_64-ibverbs | Debian 7 |
modulefile : NAMD/2.9-ibverbs | ||||
2.9 | N/A | Infiniband | /applis/PSMN/generic/NAMD/2.9/NAMD_2.9_Linux-x86_64-ibverbs-smp | Debian 7 |
modulefile : NAMD/2.9-ibverbs-smp | ||||
2.9 | N/A | Infiniband | /applis/PSMN/generic/NAMD/2.9/NAMD_2.9_Linux-x86_64-ibverbs-smp-CUDA | Debian 7 +GPU |
modulefile : NAMD/2.9-ibverbs-smp-CUDA |
Pour utiliser les modules, consulter Environment Modules
Note : Les versions NAMD 2.9 sur GPUs nécessitent le driver CUDA 4.0 ou version supérieure. Tous les noeuds possédant des GPUs au PSMN disposent d'une telle version de driver. Pour vérifier la version de driver CUDA installée et bien choisir les queues à utiliser, veuillez vous référer à la page décrivant les files d'attente (queues) (rubrique “Les files d'attente GPGPU”).
Ces exemples décrivent le mode d'utilisation de NAMD en mode séquentiel, parallèle multithreadé (un seul noeud) et parallèle multithreadé combiné avec utilisation de cartes GPU NVIDIA (CUDA).
Pour simplifier, on décrit ici le lancement du programme (namd2) directement sur le noeud. Rappelons que cela n'est autorisé au PSMN que pour des petits tests (“petits” par rapport à la durée, à la quantité de mémoire et au nombre de coeurs utilisés).
Pour le mode “batch” (c.à.d. utilisation des queues, que se soit des queues de test ou de production), il suffirait d'insérer les commandes ci-dessous (chargement du module et la commande d'exécution namd2) dans un script de soumission et de soumettre ce script.
mkdir $HOME/test_namd cd $HOME/test_namd
wget http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/namd/namd-tutorial-files.tar.gz tar -zxvf namd-tutorial-files.tar.gz
cd namd-tutorial-files/1-2-sphere
module load NAMD/2.11-multicore
namd2 ubq_ws_eq.conf > ubq_ws_eq.log
tail -f ubq_ws_eq_sequentiel.log
tail -2 ubq_ws_eq_sequentiel.log WallClock: 89.548943 CPUTime: 89.548943 Memory: 62.207031 MB [Partition 0][Node 0] End of program
namd2 ubq_ws_eq.conf +p4 > ubq_ws_eq_4cores.log
tail -2 ubq_ws_eq_4cores.log WallClock: 24.876143 CPUTime: 24.876143 Memory: 313.214844 MB [Partition 0][Node 0] End of program
module load NAMD/2.11-multicore-CUDA namd2 +p4 +setcpuaffinity +devices 0,1 ubq_ws_eq.conf > ubq_ws_eq_4cores_2GPUs.log
nvidia-smi --loop=1
tail -2 ubq_ws_eq_4cores_2GPUs.log WallClock: 7.821550 CPUTime: 7.821550 Memory: 86.968750 MB [Partition 0][Node 0] End of program
Remarques :
namd2 +idlepoll +p4 +devices 0,1 ubq_ws_eq.conf
(pour plus de détails, référez vous à nouveau au fichier notes.txt, du répertoire d'installation