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| documentation:tools:software:namd [2016/02/03 09:10] – [Exemples d'utilisation au PSMN] cicaluga | documentation:tools:software:namd [2020/08/25 15:58] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1 |
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| ====== NAMD ====== | ====== NAMD ====== |
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| ====== NAMD 2.11 ====== | ===== NAMD 2.13 ===== |
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| NAMD vient en 5 versions : | NAMD vient en 5 versions : |
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| ^ Version ^ Compilateur ^ Interconnexion ^ chemin d'accès ^ OS ^ | ^ Version ^ Compilateur ^ Interconnexion ^ chemin d'accès ^ |
| | 2.11 | N/A | N/A | /applis/PSMN/generic/NAMD/2.11/NAMD_2.11_Linux-x86_64-multicore/ | Debian 7 | | | 2.13 | N/A | N/A | ${APPLIS}/NAMD_2.13_Linux-x86_64-multicore/ | |
| | | **modulefile** : NAMD/2.11-multicore |||| | | | **modulefile** : NAMD/multicore/2.13 ||| |
| | 2.11 | N/A | N/A | /applis/PSMN/generic/NAMD/2.11/NAMD_2.11_Linux-x86_64-multicore-CUDA/ | Debian 7 +GPU | | | 2.13 | N/A | N/A | ${APPLIS}/NAMD_2.13_Linux-x86_64-multicore-CUDA/ | |
| | | **modulefile** : NAMD/2.11-multicore-CUDA |||| | | | **modulefile** : NAMD/multicore+CUDA/2.13 ||| |
| | 2.11 | N/A | Infiniband | /applis/PSMN/generic/NAMD/2.11/NAMD_2.11_Linux-x86_64-ibverbs | Debian 7 | | | 2.13 | N/A | Infiniband | ${APPLIS}/NAMD_2.13_Linux-x86_64-ibverbs/ | |
| | | **modulefile** : NAMD/2.11-ibverbs |||| | | | **modulefile** : NAMD/ibverbs/2.13 ||| |
| | 2.11 | N/A | Infiniband | /applis/PSMN/generic/NAMD/2.11/NAMD_2.11_Linux-x86_64-ibverbs-smp | Debian 7 | | | 2.13 | N/A | Infiniband | ${APPLIS}/NAMD_2.13_Linux-x86_64-ibverbs-smp/ | |
| | | **modulefile** : NAMD/2.11-ibverbs-smp |||| | | | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp/2.13 ||| |
| | 2.11 | N/A | Infiniband | /applis/PSMN/generic/NAMD/2.11/NAMD_2.11_Linux-x86_64-ibverbs-smp-CUDA | Debian 7 +GPU | | | 2.13 | N/A | Infiniband | ${APPLIS}/NAMD_2.13_Linux-x86_64-ibverbs-smp-CUDA/ | |
| | | **modulefile** : NAMD/2.11-ibverbs-smp-CUDA |||| | | | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp+CUDA/2.13 ||| |
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| | Avec ''${APPLIS}'' = ''/applis/PSMN/generic/NAMD/2.13/''. |
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| Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environnement Modules]] | Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environnement Modules]] |
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| Note : Les versions NAMD 2.11 sur GPUs nécessitent le driver CUDA 6.0. Certains noeuds ne disposent pas encore de cette version de driver. Pour vérifier la version de driver CUDA installée et bien choisir les queues à utiliser, veuillez vous référer à la page décrivant [[documentation:clusters:batch&#les_files_d_attente|les files d'attente (queues)]] (rubrique "Les files d'attente GPGPU"). | Note : Les versions NAMD CUDA nécessitent un GPU. Pour bien choisir les files d'attente à utiliser, veuillez vous référer à la page décrivant [[documentation:clusters:batch&#les_files_d_attente|les files d'attente (queues)]] (rubrique "Les files d'attente GPGPU"). |
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| ====== NAMD 2.9 ====== | |
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| | ===== NAMD 2.12 ===== |
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| NAMD vient en 5 versions : | NAMD vient en 5 versions : |
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| ^ Version ^ Compilateur ^ Interconnexion ^ chemin d'accès ^ OS ^ | ^ Version ^ Compilateur ^ Interconnexion ^ chemin d'accès ^ |
| | 2.9 | N/A | N/A | /applis/PSMN/generic/NAMD/2.9/NAMD_2.9_Linux-x86_64-multicore/ | Debian 7 | | | 2.12 | N/A | N/A | ${APPLIS}/NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore/ | |
| | | **modulefile** : NAMD/2.9-multicore |||| | | | **modulefile** : NAMD/multicore/2.12 ||| |
| | 2.9 | N/A | N/A | /applis/PSMN/generic/NAMD/2.9/NAMD_2.9_Linux-x86_64-multicore-CUDA/ | Debian 7 +GPU | | | 2.12 | N/A | N/A | ${APPLIS}/NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore-CUDA/ | |
| | | **modulefile** : NAMD/2.9-multicore-CUDA |||| | | | **modulefile** : NAMD/multicore+CUDA/2.12 ||| |
| | 2.9 | N/A | Infiniband | /applis/PSMN/generic/NAMD/2.9/NAMD_2.9_Linux-x86_64-ibverbs | Debian 7 | | | 2.12 | N/A | Infiniband | ${APPLIS}/NAMD_2.12_Linux-x86_64-ibverbs/ | |
| | | **modulefile** : NAMD/2.9-ibverbs |||| | | | **modulefile** : NAMD/ibverbs/2.12 ||| |
| | 2.9 | N/A | Infiniband | /applis/PSMN/generic/NAMD/2.9/NAMD_2.9_Linux-x86_64-ibverbs-smp | Debian 7 | | | 2.12 | N/A | Infiniband | ${APPLIS}/NAMD_2.12_Linux-x86_64-ibverbs-smp/ | |
| | | **modulefile** : NAMD/2.9-ibverbs-smp |||| | | | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp/2.12 ||| |
| | 2.9 | N/A | Infiniband | /applis/PSMN/generic/NAMD/2.9/NAMD_2.9_Linux-x86_64-ibverbs-smp-CUDA | Debian 7 +GPU | | | 2.12 | N/A | Infiniband | ${APPLIS}/NAMD_2.12_Linux-x86_64-ibverbs-smp-CUDA/ | |
| | | **modulefile** : NAMD/2.9-ibverbs-smp-CUDA |||| | | | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp+CUDA/2.12 ||| |
| |
| | Avec ''${APPLIS}'' = ''/applis/PSMN/generic/NAMD/2.12/''. |
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| Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environnement Modules]] | Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environnement Modules]] |
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| Note : Les versions NAMD 2.9 sur GPUs nécessitent le driver CUDA 4.0 ou version supérieure. Tous les noeuds possédant des GPUs au PSMN disposent d'une telle version de driver. Pour vérifier la version de driver CUDA installée et bien choisir les queues à utiliser, veuillez vous référer à la page décrivant [[documentation:clusters:batch&#les_files_d_attente|les files d'attente (queues)]] (rubrique "Les files d'attente GPGPU"). | Note : Les versions NAMD CUDA nécessitent un GPU. Pour bien choisir les files d'attente à utiliser, veuillez vous référer à la page décrivant [[documentation:clusters:batch&#les_files_d_attente|les files d'attente (queues)]] (rubrique "Les files d'attente GPGPU"). |
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| | ===== NAMD 2.11 ===== |
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| | NAMD vient en 5 versions : |
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| | ^ Version ^ Compilateur ^ Interconnexion ^ chemin d'accès ^ |
| | | 2.11 | N/A | N/A | ${APPLIS}/NAMD_2.11_Linux-x86_64-multicore/ | |
| | | | **modulefile** : NAMD/multicore/2.11 ||| |
| | | 2.11 | N/A | N/A | ${APPLIS}/NAMD_2.11_Linux-x86_64-multicore-CUDA/ | |
| | | | **modulefile** : NAMD/multicore+CUDA/2.11 ||| |
| | | 2.11 | N/A | Infiniband | ${APPLIS}/NAMD_2.11_Linux-x86_64-ibverbs/ | |
| | | | **modulefile** : NAMD/ibverbs/2.11 ||| |
| | | 2.11 | N/A | Infiniband | ${APPLIS}/NAMD_2.11_Linux-x86_64-ibverbs-smp/ | |
| | | | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp/2.11 ||| |
| | | 2.11 | N/A | Infiniband | ${APPLIS}/NAMD_2.11_Linux-x86_64-ibverbs-smp-CUDA/ | |
| | | | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp+CUDA/2.11 ||| |
| | |
| | Avec ''${APPLIS}'' = ''/applis/PSMN/generic/NAMD/2.11/''. |
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| | Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environnement Modules]] |
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| | Note : Les versions NAMD CUDA nécessitent un GPU. Pour bien choisir les files d'attente à utiliser, veuillez vous référer à la page décrivant [[documentation:clusters:batch&#les_files_d_attente|les files d'attente (queues)]] (rubrique "Les files d'attente GPGPU"). |
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| | ===== NAMD 2.09 ===== |
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| | NAMD vient en 5 versions : |
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| | ^ Version ^ Compilateur ^ Interconnexion ^ chemin d'accès ^ |
| | | 2.9 | N/A | N/A | ${APPLIS}/NAMD_2.9_Linux-x86_64-multicore/ | |
| | | | **modulefile** : NAMD/multicore/2.09 ||| |
| | | 2.9 | N/A | N/A | ${APPLIS}/NAMD_2.9_Linux-x86_64-multicore-CUDA/ | |
| | | | **modulefile** : NAMD/multicore+CUDA/2.09 ||| |
| | | 2.9 | N/A | Infiniband | ${APPLIS}/NAMD_2.9_Linux-x86_64-ibverbs/ | |
| | | | **modulefile** : NAMD/ibverbs/2.09 ||| |
| | | 2.9 | N/A | Infiniband | ${APPLIS}/NAMD_2.9_Linux-x86_64-ibverbs-smp/ | |
| | | | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp/2.09 ||| |
| | | 2.9 | N/A | Infiniband | ${APPLIS}/NAMD_2.9_Linux-x86_64-ibverbs-smp-CUDA/ | |
| | | | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp+CUDA/2.09 ||| |
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| | Avec ''${APPLIS}'' = ''/applis/PSMN/generic/NAMD/2.9/''. |
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| | Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environnement Modules]] |
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| | Note : Les versions NAMD CUDA nécessitent un GPU. Pour bien choisir les files d'attente à utiliser, veuillez vous référer à la page décrivant [[documentation:clusters:batch&#les_files_d_attente|les files d'attente (queues)]] (rubrique "Les files d'attente GPGPU"). |
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| {{INLINETOC}} | |
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| ===== Site officiel ===== | ===== Site officiel ===== |
| Pour le mode "batch" (c.à.d. utilisation des queues, que se soit des queues de test ou de production), il suffirait d'insérer les commandes ci-dessous (chargement du module et la commande d'exécution namd2) dans un script de soumission et de soumettre ce script. | Pour le mode "batch" (c.à.d. utilisation des queues, que se soit des queues de test ou de production), il suffirait d'insérer les commandes ci-dessous (chargement du module et la commande d'exécution namd2) dans un script de soumission et de soumettre ce script. |
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| - créer un répertoire de test et travailler là-dedans : <code bash> | - créer un répertoire de test et travailler dedans : <code bash> |
| mkdir $HOME/test_namd | mkdir $HOME/test_namd |
| cd $HOME/test_namd </code> | cd $HOME/test_namd </code> |
| cd namd-tutorial-files/1-2-sphere </code> | cd namd-tutorial-files/1-2-sphere </code> |
| - charger le module correspondant à la version de NAMD désirée (dans la liste ci-dessus). Par exemple : <code bash> | - charger le module correspondant à la version de NAMD désirée (dans la liste ci-dessus). Par exemple : <code bash> |
| module load NAMD/2.11-multicore </code> | module load NAMD/multicore/2.11 </code> |
| - exécuter NAMD en local (rappel : ce mode d'exécution n'est permis que pour des petits test, pour la production, il est obligatoire d'utiliser le système de queues). **Le mode séquentiel** est obtenu par : <code bash> | - exécuter NAMD en local (rappel : ce mode d'exécution n'est permis que pour des petits test, pour la production, il est obligatoire d'utiliser le système de queues). **Le mode séquentiel** est obtenu par : <code bash> |
| namd2 ubq_ws_eq.conf > ubq_ws_eq.log </code> | namd2 ubq_ws_eq.conf > ubq_ws_eq.log </code> |
| [Partition 0][Node 0] End of program </code> | [Partition 0][Node 0] End of program </code> |
| - Pour utiliser la **version multithread avec des GPUs** (sur les serveurs qui disposent de telles cartes, pour ces tests le serveur r730visu a été utilisé) : <code bash> | - Pour utiliser la **version multithread avec des GPUs** (sur les serveurs qui disposent de telles cartes, pour ces tests le serveur r730visu a été utilisé) : <code bash> |
| module load NAMD/2.11-multicore-CUDA | module load NAMD/multicore+CUDA/2.11 |
| namd2 +p4 +setcpuaffinity +devices 0,1 ubq_ws_eq.conf > ubq_ws_eq_4cores_2GPUs.log</code> | namd2 +p4 +setcpuaffinity +devices 0,1 ubq_ws_eq.conf > ubq_ws_eq_4cores_2GPUs.log</code> |
| - En plus de la commande top (pour suivre la charge CPU), on peut suivre l'utilisation des ressources GPU en utilisant la commande suivante (refresh tous les secondes) dans un autre terminal : <code bash> | - En plus de la commande top (pour suivre la charge CPU), on peut suivre l'utilisation des ressources GPU en utilisant la commande suivante (refresh tous les secondes) dans un autre terminal : <code bash> |
| Remarques : | Remarques : |
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| * D'autres options sont possibles à l'exécution pour l'exécution de namd2 et leur utilisation pourrait diminuer la durée de l'exécution. Par exemple, l'option +setcpuaffinity pourrait être utilisée et bénéfique pour la version multidread (avec ou sans GPU). Plus des détails sur ces options et d'autres possibilités d'utilisation NAMD se trouvent dans le fichier notes.txt du répertoire d'installation (voir le chemins d'installation dans les tableaux ci-dessous). | * D'autres options sont possibles à l'exécution pour l'exécution de namd2 et leur utilisation pourrait diminuer la durée de l'exécution. Par exemple, l'option +setcpuaffinity pourrait être utilisée et bénéfique pour la version multidread (avec ou sans GPU). Plus des détails sur ces options et d'autres possibilités d'utilisation NAMD se trouvent dans le fichier notes.txt du répertoire d'installation (voir le chemin d'installation dans les tableaux ci-dessus). |
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| * Pour la version NAMD 2.9, le lancement de la version multhidread (avec ou sans CUDA) était légèrement différente. Par exemple, pour multithread+CUDA: <code bash> | * Pour la version NAMD 2.9, le lancement de la version multithread (avec ou sans CUDA) était légèrement différente. Par exemple, pour multithread+CUDA: <code bash> |
| namd2 +idlepoll +p4 +devices 0,1 ubq_ws_eq.conf </code> (pour plus de détails, référez vous à nouveau au fichier notes.txt, du répertoire d'installation (voir le chemins d'installation dans les tableaux ci-dessous). | namd2 +idlepoll +p4 +devices 0,1 ubq_ws_eq.conf </code> (pour plus de détails, référez vous à nouveau au fichier notes.txt, du répertoire d'installation (voir le chemin d'installation dans les tableaux ci-dessus). |
