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| documentation:tools:software:namd [2018/02/27 13:22] – ltaulell | documentation:tools:software:namd [2020/08/25 15:58] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1 |
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| ====== NAMD ====== | ====== NAMD ====== |
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| | ===== NAMD 2.13 ===== |
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| | NAMD vient en 5 versions : |
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| | ^ Version ^ Compilateur ^ Interconnexion ^ chemin d'accès ^ |
| | | 2.13 | N/A | N/A | ${APPLIS}/NAMD_2.13_Linux-x86_64-multicore/ | |
| | | | **modulefile** : NAMD/multicore/2.13 ||| |
| | | 2.13 | N/A | N/A | ${APPLIS}/NAMD_2.13_Linux-x86_64-multicore-CUDA/ | |
| | | | **modulefile** : NAMD/multicore+CUDA/2.13 ||| |
| | | 2.13 | N/A | Infiniband | ${APPLIS}/NAMD_2.13_Linux-x86_64-ibverbs/ | |
| | | | **modulefile** : NAMD/ibverbs/2.13 ||| |
| | | 2.13 | N/A | Infiniband | ${APPLIS}/NAMD_2.13_Linux-x86_64-ibverbs-smp/ | |
| | | | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp/2.13 ||| |
| | | 2.13 | N/A | Infiniband | ${APPLIS}/NAMD_2.13_Linux-x86_64-ibverbs-smp-CUDA/ | |
| | | | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp+CUDA/2.13 ||| |
| | |
| | Avec ''${APPLIS}'' = ''/applis/PSMN/generic/NAMD/2.13/''. |
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| | Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environnement Modules]] |
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| | Note : Les versions NAMD CUDA nécessitent un GPU. Pour bien choisir les files d'attente à utiliser, veuillez vous référer à la page décrivant [[documentation:clusters:batch&#les_files_d_attente|les files d'attente (queues)]] (rubrique "Les files d'attente GPGPU"). |
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| ===== NAMD 2.12 ===== | ===== NAMD 2.12 ===== |
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| ^ Version ^ Compilateur ^ Interconnexion ^ chemin d'accès ^ | ^ Version ^ Compilateur ^ Interconnexion ^ chemin d'accès ^ |
| | 2.12 | N/A | N/A | ${SOFT}/NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore/ | | | 2.12 | N/A | N/A | ${APPLIS}/NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore/ | |
| | | **modulefile** : NAMD/multicore/2.12 ||| | | | **modulefile** : NAMD/multicore/2.12 ||| |
| | 2.12 | N/A | N/A | ${SOFT}/NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore-CUDA/ | | | 2.12 | N/A | N/A | ${APPLIS}/NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore-CUDA/ | |
| | | **modulefile** : NAMD/multicore+CUDA/2.12 ||| | | | **modulefile** : NAMD/multicore+CUDA/2.12 ||| |
| | 2.12 | N/A | Infiniband | ${SOFT}/NAMD_2.12_Linux-x86_64-ibverbs/ | | | 2.12 | N/A | Infiniband | ${APPLIS}/NAMD_2.12_Linux-x86_64-ibverbs/ | |
| | | **modulefile** : NAMD/ibverbs/2.12 ||| | | | **modulefile** : NAMD/ibverbs/2.12 ||| |
| | 2.12 | N/A | Infiniband | ${SOFT}/NAMD_2.12_Linux-x86_64-ibverbs-smp/ | | | 2.12 | N/A | Infiniband | ${APPLIS}/NAMD_2.12_Linux-x86_64-ibverbs-smp/ | |
| | | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp/2.12 ||| | | | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp/2.12 ||| |
| | 2.12 | N/A | Infiniband | ${SOFT}/NAMD_2.12_Linux-x86_64-ibverbs-smp-CUDA/ | | | 2.12 | N/A | Infiniband | ${APPLIS}/NAMD_2.12_Linux-x86_64-ibverbs-smp-CUDA/ | |
| | | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp+CUDA/2.12 ||| | | | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp+CUDA/2.12 ||| |
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| Avec ''${SOFT}'' = ''/applis/PSMN/generic/NAMD/2.12/''. | Avec ''${APPLIS}'' = ''/applis/PSMN/generic/NAMD/2.12/''. |
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| Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environnement Modules]] | Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environnement Modules]] |
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| ^ Version ^ Compilateur ^ Interconnexion ^ chemin d'accès ^ | ^ Version ^ Compilateur ^ Interconnexion ^ chemin d'accès ^ |
| | 2.11 | N/A | N/A | ${SOFT}/NAMD_2.11_Linux-x86_64-multicore/ | | | 2.11 | N/A | N/A | ${APPLIS}/NAMD_2.11_Linux-x86_64-multicore/ | |
| | | **modulefile** : NAMD/multicore/2.11 ||| | | | **modulefile** : NAMD/multicore/2.11 ||| |
| | 2.11 | N/A | N/A | ${SOFT}/NAMD_2.11_Linux-x86_64-multicore-CUDA/ | | | 2.11 | N/A | N/A | ${APPLIS}/NAMD_2.11_Linux-x86_64-multicore-CUDA/ | |
| | | **modulefile** : NAMD/multicore+CUDA/2.11 ||| | | | **modulefile** : NAMD/multicore+CUDA/2.11 ||| |
| | 2.11 | N/A | Infiniband | ${SOFT}/NAMD_2.11_Linux-x86_64-ibverbs/ | | | 2.11 | N/A | Infiniband | ${APPLIS}/NAMD_2.11_Linux-x86_64-ibverbs/ | |
| | | **modulefile** : NAMD/ibverbs/2.11 ||| | | | **modulefile** : NAMD/ibverbs/2.11 ||| |
| | 2.11 | N/A | Infiniband | ${SOFT}/NAMD_2.11_Linux-x86_64-ibverbs-smp/ | | | 2.11 | N/A | Infiniband | ${APPLIS}/NAMD_2.11_Linux-x86_64-ibverbs-smp/ | |
| | | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp/2.11 ||| | | | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp/2.11 ||| |
| | 2.11 | N/A | Infiniband | ${SOFT}/NAMD_2.11_Linux-x86_64-ibverbs-smp-CUDA/ | | | 2.11 | N/A | Infiniband | ${APPLIS}/NAMD_2.11_Linux-x86_64-ibverbs-smp-CUDA/ | |
| | | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp+CUDA/2.11 ||| | | | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp+CUDA/2.11 ||| |
| |
| Avec ''${SOFT}'' = ''/applis/PSMN/generic/NAMD/2.11/''. | Avec ''${APPLIS}'' = ''/applis/PSMN/generic/NAMD/2.11/''. |
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| Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environnement Modules]] | Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environnement Modules]] |
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| ^ Version ^ Compilateur ^ Interconnexion ^ chemin d'accès ^ | ^ Version ^ Compilateur ^ Interconnexion ^ chemin d'accès ^ |
| | 2.9 | N/A | N/A | ${SOFT}/NAMD_2.9_Linux-x86_64-multicore/ | | | 2.9 | N/A | N/A | ${APPLIS}/NAMD_2.9_Linux-x86_64-multicore/ | |
| | | **modulefile** : NAMD/multicore/2.09 ||| | | | **modulefile** : NAMD/multicore/2.09 ||| |
| | 2.9 | N/A | N/A | ${SOFT}/NAMD_2.9_Linux-x86_64-multicore-CUDA/ | | | 2.9 | N/A | N/A | ${APPLIS}/NAMD_2.9_Linux-x86_64-multicore-CUDA/ | |
| | | **modulefile** : NAMD/multicore+CUDA/2.09 ||| | | | **modulefile** : NAMD/multicore+CUDA/2.09 ||| |
| | 2.9 | N/A | Infiniband | ${SOFT}/NAMD_2.9_Linux-x86_64-ibverbs/ | | | 2.9 | N/A | Infiniband | ${APPLIS}/NAMD_2.9_Linux-x86_64-ibverbs/ | |
| | | **modulefile** : NAMD/ibverbs/2.09 ||| | | | **modulefile** : NAMD/ibverbs/2.09 ||| |
| | 2.9 | N/A | Infiniband | ${SOFT}/NAMD_2.9_Linux-x86_64-ibverbs-smp/ | | | 2.9 | N/A | Infiniband | ${APPLIS}/NAMD_2.9_Linux-x86_64-ibverbs-smp/ | |
| | | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp/2.09 ||| | | | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp/2.09 ||| |
| | 2.9 | N/A | Infiniband | ${SOFT}/NAMD_2.9_Linux-x86_64-ibverbs-smp-CUDA/ | | | 2.9 | N/A | Infiniband | ${APPLIS}/NAMD_2.9_Linux-x86_64-ibverbs-smp-CUDA/ | |
| | | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp+CUDA/2.09 ||| | | | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp+CUDA/2.09 ||| |
| |
| Avec ''${SOFT}'' = ''/applis/PSMN/generic/NAMD/2.9/''. | Avec ''${APPLIS}'' = ''/applis/PSMN/generic/NAMD/2.9/''. |
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| Note : Les versions NAMD CUDA nécessitent un GPU. Pour bien choisir les files d'attente à utiliser, veuillez vous référer à la page décrivant [[documentation:clusters:batch&#les_files_d_attente|les files d'attente (queues)]] (rubrique "Les files d'attente GPGPU"). | Note : Les versions NAMD CUDA nécessitent un GPU. Pour bien choisir les files d'attente à utiliser, veuillez vous référer à la page décrivant [[documentation:clusters:batch&#les_files_d_attente|les files d'attente (queues)]] (rubrique "Les files d'attente GPGPU"). |
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| {{INLINETOC}} | |
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| ===== Site officiel ===== | ===== Site officiel ===== |
| Remarques : | Remarques : |
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| * D'autres options sont possibles à l'exécution pour l'exécution de namd2 et leur utilisation pourrait diminuer la durée de l'exécution. Par exemple, l'option +setcpuaffinity pourrait être utilisée et bénéfique pour la version multidread (avec ou sans GPU). Plus des détails sur ces options et d'autres possibilités d'utilisation NAMD se trouvent dans le fichier notes.txt du répertoire d'installation (voir le chemins d'installation dans les tableaux ci-dessous). | * D'autres options sont possibles à l'exécution pour l'exécution de namd2 et leur utilisation pourrait diminuer la durée de l'exécution. Par exemple, l'option +setcpuaffinity pourrait être utilisée et bénéfique pour la version multidread (avec ou sans GPU). Plus des détails sur ces options et d'autres possibilités d'utilisation NAMD se trouvent dans le fichier notes.txt du répertoire d'installation (voir le chemin d'installation dans les tableaux ci-dessus). |
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| * Pour la version NAMD 2.9, le lancement de la version multhidread (avec ou sans CUDA) était légèrement différente. Par exemple, pour multithread+CUDA: <code bash> | * Pour la version NAMD 2.9, le lancement de la version multithread (avec ou sans CUDA) était légèrement différente. Par exemple, pour multithread+CUDA: <code bash> |
| namd2 +idlepoll +p4 +devices 0,1 ubq_ws_eq.conf </code> (pour plus de détails, référez vous à nouveau au fichier notes.txt, du répertoire d'installation (voir le chemins d'installation dans les tableaux ci-dessous). | namd2 +idlepoll +p4 +devices 0,1 ubq_ws_eq.conf </code> (pour plus de détails, référez vous à nouveau au fichier notes.txt, du répertoire d'installation (voir le chemin d'installation dans les tableaux ci-dessus). |
