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documentation:tools:software:namd

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documentation:tools:software:namd [2018/02/27 13:24] – [Exemples d'utilisation au PSMN] ltaulelldocumentation:tools:software:namd [2020/08/25 15:58] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1
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 ====== NAMD ====== ====== NAMD ======
 +
 +===== NAMD 2.13 =====
 +
 +NAMD vient en 5 versions :
 +
 +^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^
 +|  2.13  |  N/A  |  N/A  |  ${APPLIS}/NAMD_2.13_Linux-x86_64-multicore/  |
 +| | **modulefile** : NAMD/multicore/2.13  |||
 +|  2.13  |  N/A  |  N/A  |  ${APPLIS}/NAMD_2.13_Linux-x86_64-multicore-CUDA/  |
 +| | **modulefile** : NAMD/multicore+CUDA/2.13  |||
 +|  2.13  |  N/A  |  Infiniband  |  ${APPLIS}/NAMD_2.13_Linux-x86_64-ibverbs/  |
 +| | **modulefile** : NAMD/ibverbs/2.13  |||
 +|  2.13  |  N/A  |  Infiniband  |  ${APPLIS}/NAMD_2.13_Linux-x86_64-ibverbs-smp/  |
 +| | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp/2.13  |||
 +|  2.13  |  N/A  |  Infiniband  |  ${APPLIS}/NAMD_2.13_Linux-x86_64-ibverbs-smp-CUDA/  |
 +| | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp+CUDA/2.13  |||
 +
 +Avec ''${APPLIS}'' = ''/applis/PSMN/generic/NAMD/2.13/''.
 +
 +Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environnement Modules]]
 +
 +Note : Les versions NAMD CUDA nécessitent un GPU. Pour bien choisir les files d'attente à utiliser, veuillez vous référer à la page décrivant [[documentation:clusters:batch&#les_files_d_attente|les files d'attente (queues)]] (rubrique "Les files d'attente GPGPU").
 +
 +
  
 ===== NAMD 2.12 ===== ===== NAMD 2.12 =====
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 ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^ ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^
-|  2.12  |  N/A  |  N/A  |  ${SOFT}/NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore/  |+|  2.12  |  N/A  |  N/A  |  ${APPLIS}/NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore/  |
 | | **modulefile** : NAMD/multicore/2.12  ||| | | **modulefile** : NAMD/multicore/2.12  |||
-|  2.12  |  N/A  |  N/A  |  ${SOFT}/NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore-CUDA/  |+|  2.12  |  N/A  |  N/A  |  ${APPLIS}/NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore-CUDA/  |
 | | **modulefile** : NAMD/multicore+CUDA/2.12  ||| | | **modulefile** : NAMD/multicore+CUDA/2.12  |||
-|  2.12  |  N/A  |  Infiniband  |  ${SOFT}/NAMD_2.12_Linux-x86_64-ibverbs/  |+|  2.12  |  N/A  |  Infiniband  |  ${APPLIS}/NAMD_2.12_Linux-x86_64-ibverbs/  |
 | | **modulefile** : NAMD/ibverbs/2.12  ||| | | **modulefile** : NAMD/ibverbs/2.12  |||
-|  2.12  |  N/A  |  Infiniband  |  ${SOFT}/NAMD_2.12_Linux-x86_64-ibverbs-smp/  |+|  2.12  |  N/A  |  Infiniband  |  ${APPLIS}/NAMD_2.12_Linux-x86_64-ibverbs-smp/  |
 | | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp/2.12  ||| | | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp/2.12  |||
-|  2.12  |  N/A  |  Infiniband  |  ${SOFT}/NAMD_2.12_Linux-x86_64-ibverbs-smp-CUDA/  |+|  2.12  |  N/A  |  Infiniband  |  ${APPLIS}/NAMD_2.12_Linux-x86_64-ibverbs-smp-CUDA/  |
 | | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp+CUDA/2.12  ||| | | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp+CUDA/2.12  |||
  
-Avec ''${SOFT}'' = ''/applis/PSMN/generic/NAMD/2.12/''.+Avec ''${APPLIS}'' = ''/applis/PSMN/generic/NAMD/2.12/''.
  
 Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environnement Modules]] Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environnement Modules]]
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 ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^ ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^
-|  2.11  |  N/A  |  N/A  |  ${SOFT}/NAMD_2.11_Linux-x86_64-multicore/  |+|  2.11  |  N/A  |  N/A  |  ${APPLIS}/NAMD_2.11_Linux-x86_64-multicore/  |
 | | **modulefile** : NAMD/multicore/2.11  ||| | | **modulefile** : NAMD/multicore/2.11  |||
-|  2.11  |  N/A  |  N/A  |  ${SOFT}/NAMD_2.11_Linux-x86_64-multicore-CUDA/  |+|  2.11  |  N/A  |  N/A  |  ${APPLIS}/NAMD_2.11_Linux-x86_64-multicore-CUDA/  |
 | | **modulefile** : NAMD/multicore+CUDA/2.11  ||| | | **modulefile** : NAMD/multicore+CUDA/2.11  |||
-|  2.11  |  N/A  |  Infiniband  |  ${SOFT}/NAMD_2.11_Linux-x86_64-ibverbs/  |+|  2.11  |  N/A  |  Infiniband  |  ${APPLIS}/NAMD_2.11_Linux-x86_64-ibverbs/  |
 | | **modulefile** : NAMD/ibverbs/2.11  ||| | | **modulefile** : NAMD/ibverbs/2.11  |||
-|  2.11  |  N/A  |  Infiniband  |  ${SOFT}/NAMD_2.11_Linux-x86_64-ibverbs-smp/  |+|  2.11  |  N/A  |  Infiniband  |  ${APPLIS}/NAMD_2.11_Linux-x86_64-ibverbs-smp/  |
 | | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp/2.11  ||| | | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp/2.11  |||
-|  2.11  |  N/A  |  Infiniband  |  ${SOFT}/NAMD_2.11_Linux-x86_64-ibverbs-smp-CUDA/  |+|  2.11  |  N/A  |  Infiniband  |  ${APPLIS}/NAMD_2.11_Linux-x86_64-ibverbs-smp-CUDA/  |
 | | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp+CUDA/2.11  ||| | | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp+CUDA/2.11  |||
  
-Avec ''${SOFT}'' = ''/applis/PSMN/generic/NAMD/2.11/''.+Avec ''${APPLIS}'' = ''/applis/PSMN/generic/NAMD/2.11/''.
  
 Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environnement Modules]] Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environnement Modules]]
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 ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^ ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^
-|  2.9  |  N/A  |  N/A  |  ${SOFT}/NAMD_2.9_Linux-x86_64-multicore/  | +|  2.9  |  N/A  |  N/A  |  ${APPLIS}/NAMD_2.9_Linux-x86_64-multicore/  | 
 | | **modulefile** : NAMD/multicore/2.09  ||| | | **modulefile** : NAMD/multicore/2.09  |||
-|  2.9  |  N/A  |  N/A  |  ${SOFT}/NAMD_2.9_Linux-x86_64-multicore-CUDA/  | +|  2.9  |  N/A  |  N/A  |  ${APPLIS}/NAMD_2.9_Linux-x86_64-multicore-CUDA/  | 
 | | **modulefile** : NAMD/multicore+CUDA/2.09  ||| | | **modulefile** : NAMD/multicore+CUDA/2.09  |||
-|  2.9  |  N/A  |  Infiniband  |  ${SOFT}/NAMD_2.9_Linux-x86_64-ibverbs/  | +|  2.9  |  N/A  |  Infiniband  |  ${APPLIS}/NAMD_2.9_Linux-x86_64-ibverbs/  | 
 | | **modulefile** : NAMD/ibverbs/2.09  ||| | | **modulefile** : NAMD/ibverbs/2.09  |||
-|  2.9  |  N/A  |  Infiniband  |  ${SOFT}/NAMD_2.9_Linux-x86_64-ibverbs-smp/  | +|  2.9  |  N/A  |  Infiniband  |  ${APPLIS}/NAMD_2.9_Linux-x86_64-ibverbs-smp/  | 
 | | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp/2.09  ||| | | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp/2.09  |||
-|  2.9  |  N/A  |  Infiniband  |  ${SOFT}/NAMD_2.9_Linux-x86_64-ibverbs-smp-CUDA/  | +|  2.9  |  N/A  |  Infiniband  |  ${APPLIS}/NAMD_2.9_Linux-x86_64-ibverbs-smp-CUDA/  | 
 | | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp+CUDA/2.09  ||| | | **modulefile** : NAMD/ibverbs+smp+CUDA/2.09  |||
  
-Avec ''${SOFT}'' = ''/applis/PSMN/generic/NAMD/2.9/''.+Avec ''${APPLIS}'' = ''/applis/PSMN/generic/NAMD/2.9/''.
  
  
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 Note : Les versions NAMD CUDA nécessitent un GPU. Pour bien choisir les files d'attente à utiliser, veuillez vous référer à la page décrivant [[documentation:clusters:batch&#les_files_d_attente|les files d'attente (queues)]] (rubrique "Les files d'attente GPGPU"). Note : Les versions NAMD CUDA nécessitent un GPU. Pour bien choisir les files d'attente à utiliser, veuillez vous référer à la page décrivant [[documentation:clusters:batch&#les_files_d_attente|les files d'attente (queues)]] (rubrique "Les files d'attente GPGPU").
  
-{{INLINETOC}}+
  
 ===== Site officiel ===== ===== Site officiel =====
documentation/tools/software/namd.1519737868.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)
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