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documentation:tools:software:tophat

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documentation:tools:software:tophat [2018/01/16 09:23] – [TopHat 2] cpetitdocumentation:tools:software:tophat [2020/08/25 15:58] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1
Ligne 3: Ligne 3:
  
    * a fast splice junction mapper for RNA-Seq reads.    * a fast splice junction mapper for RNA-Seq reads.
 +
 +
 +
 +^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^
 +|  2.1.1  |  N/A  |  N/A  |  /usr/bin    |  Debian 9  |
 +| | **modulefile** : aucun  ||||
 +
 +<note important>Please note that TopHat has entered a low maintenance, low support stage as it is now largely superseded by [[documentation:tools:software:hisat|HISAT2]] which provides the same core functionality (i.e. spliced alignment of RNA-Seq reads), in a more accurate and much more efficient way.</note>
 +
 +<hidden>
  
 ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^ ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^
-|  2.1.1  |  GCC 5.4.0  |  N/A  | ${SITE}/Compiler/GCC/5.4.0/TopHat/2.1.1/bin    |  generic  | 
-| | **modulefile** : GCC/5.4.0/TopHat/2.1.1  |||| 
--------------------------------------------------------- 
 |  2.1.1  |  N/A  |  N/A  |  /applis/PSMN/generic/TopHat/2.1.1/x86_64  |  generic  | |  2.1.1  |  N/A  |  N/A  |  /applis/PSMN/generic/TopHat/2.1.1/x86_64  |  generic  |
 | | **modulefile** : TopHat/2.1.1  |||| | | **modulefile** : TopHat/2.1.1  ||||
Ligne 13: Ligne 20:
 | | **modulefile** : TopHat/2.0.13  |||| | | **modulefile** : TopHat/2.0.13  ||||
  
-<code bash> 
-${SITE} = /applis/PSMN/debian9/software/ 
-</code> 
  
-La dépendance sur ''Bowtie'' (2.2.4 ou 2.2.9) est incluse dans les modulefiles.+La dépendance sur ''Bowtie'' (2.2.4 ou 2.2.9 ) est incluse dans les modulefiles. 
 + 
  
 Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]] Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]]
  
 <note>TopHat 2.1.1 ne compile qu'avec GCC 5.4.0 (on ne peut pas utiliser une version plus récente du compilateur...)</note> <note>TopHat 2.1.1 ne compile qu'avec GCC 5.4.0 (on ne peut pas utiliser une version plus récente du compilateur...)</note>
 +
 +</hidden>
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 ===== Site officiel ===== ===== Site officiel =====
  
   * http://ccb.jhu.edu/software/tophat/index.shtml   * http://ccb.jhu.edu/software/tophat/index.shtml
  
documentation/tools/software/tophat.1516094591.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)
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