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TopHat 2
- a fast splice junction mapper for RNA-Seq reads.
| Version | Compilateur | Interconnexion | chemin d'accès | OS |
|---|---|---|---|---|
| 2.1.1 | GCC 5.4.0 | N/A | ${SITE}/Compiler/GCC/5.4.0/TopHat/2.1.1/bin | generic |
modulefile : GCC/5.4.0/TopHat/2.1.1 |
||||
La dépendance sur Bowtie (2.3.3 ) est incluse dans le modulefile.
TopHat is not maintop
| Version | Compilateur | Interconnexion | chemin d'accès | OS |
|---|---|---|---|---|
| 2.1.1 | N/A | N/A | /applis/PSMN/generic/TopHat/2.1.1/x86_64 | generic |
| modulefile : TopHat/2.1.1 | ||||
| 2.0.13 | N/A | N/A | /applis/PSMN/generic/TopHat/2.0.13/x86_64 | generic |
| modulefile : TopHat/2.0.13 | ||||
${SITE} = /applis/PSMN/debian9/software/
La dépendance sur Bowtie (2.2.4 ou 2.2.9 ) est incluse dans les modulefiles.
Pour utiliser les modules, consulter Environment Modules
TopHat 2.1.1 ne compile qu'avec GCC 5.4.0 (on ne peut pas utiliser une version plus récente du compilateur…)