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| documentation:tools:software:tophat [2018/01/16 10:40] – [TopHat 2] cpetit | documentation:tools:software:tophat [2020/08/25 15:58] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1 |
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| * a fast splice junction mapper for RNA-Seq reads. | * a fast splice junction mapper for RNA-Seq reads. |
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| <note important>Please note that TopHat has entered a low maintenance, low support stage as it is now largely superseded by HISAT2 which provides the same core functionality (i.e. spliced alignment of RNA-Seq reads), in a more accurate and much more efficient way.</note> | |
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| ^ Version ^ Compilateur ^ Interconnexion ^ chemin d'accès ^ OS ^ | ^ Version ^ Compilateur ^ Interconnexion ^ chemin d'accès ^ OS ^ |
| | 2.1.1 | GCC 5.4.0 | N/A | ''${SITE}/Compiler/GCC/5.4.0/TopHat/2.1.1/bin'' | generic | | | 2.1.1 | N/A | N/A | /usr/bin | Debian 9 | |
| | | **modulefile** : ''GCC/5.4.0/TopHat/2.1.1'' |||| | | | **modulefile** : aucun |||| |
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| La dépendance sur ''Bowtie'' (2.3.3 ) est incluse dans le modulefile. | |
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| | <note important>Please note that TopHat has entered a low maintenance, low support stage as it is now largely superseded by [[documentation:tools:software:hisat|HISAT2]] which provides the same core functionality (i.e. spliced alignment of RNA-Seq reads), in a more accurate and much more efficient way.</note> |
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| | <hidden> |
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| ^ Version ^ Compilateur ^ Interconnexion ^ chemin d'accès ^ OS ^ | ^ Version ^ Compilateur ^ Interconnexion ^ chemin d'accès ^ OS ^ |
| | | **modulefile** : TopHat/2.0.13 |||| | | | **modulefile** : TopHat/2.0.13 |||| |
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| <code bash> | |
| ${SITE} = /applis/PSMN/debian9/software/ | |
| </code> | |
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| La dépendance sur ''Bowtie'' (2.2.4 ou 2.2.9 ) est incluse dans les modulefiles. | La dépendance sur ''Bowtie'' (2.2.4 ou 2.2.9 ) est incluse dans les modulefiles. |
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| Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]] | Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]] |
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| <note>TopHat 2.1.1 ne compile qu'avec GCC 5.4.0 (on ne peut pas utiliser une version plus récente du compilateur...)</note> | <note>TopHat 2.1.1 ne compile qu'avec GCC 5.4.0 (on ne peut pas utiliser une version plus récente du compilateur...)</note> |
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| | </hidden> |
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| ===== Site officiel ===== | ===== Site officiel ===== |
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| * http://ccb.jhu.edu/software/tophat/index.shtml | * http://ccb.jhu.edu/software/tophat/index.shtml |
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