Ceci est une ancienne révision du document !
TopHat 2
Please note that TopHat has entered a low maintenance, low support stage as it is now largely superseded by
HISAT2 which provides the same core functionality (i.e. spliced alignment of RNA-Seq reads), in a more accurate and much more efficient way.
Version | Compilateur | Interconnexion | chemin d'accès | OS |
2.1.1 | N/A | N/A | /usr/bin | Debian 9 |
| modulefile : aucun |
Version | Compilateur | Interconnexion | chemin d'accès | OS |
2.1.1 | N/A | N/A | /applis/PSMN/generic/TopHat/2.1.1/x86_64 | generic |
| modulefile : TopHat/2.1.1 |
2.0.13 | N/A | N/A | /applis/PSMN/generic/TopHat/2.0.13/x86_64 | generic |
| modulefile : TopHat/2.0.13 |
La dépendance sur Bowtie
(2.2.4 ou 2.2.9 ) est incluse dans les modulefiles.
Pour utiliser les modules, consulter Environment Modules
TopHat 2.1.1 ne compile qu'avec GCC 5.4.0 (on ne peut pas utiliser une version plus récente du compilateur…)
Site officiel