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documentation:tools:software:trinity

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documentation:tools:software:trinity [2016/07/08 09:35] – [Trinity] ltaulelldocumentation:tools:software:trinity [2022/09/13 12:36] (Version actuelle) – [Trinity] ltaulell
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 ====== Trinity ====== ====== Trinity ======
 +
 +  * assembles transcript sequences from Illumina RNA-Seq data.
  
 ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^ ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^
-|  r20140413  |  gnu-4.7.2  |  N/A  |  /applis/PSMN/debian7/Trinity/trinityrnaseq_r20140413/  |  Debian 7  | +|  2.14.0  |  foss-2021b  |  N/A  |  N/A  |  Debian 11  | 
-| | **modulefile** : Trinity/r20140413  |||| +| | **modulefile** :  Trinity/2.14.0-foss-2021b-Python-3.9.6 |||| 
-|  r20140717  |  gnu-4.7.2  |  N/A  |  /applis/PSMN/debian7/Trinity/trinityrnaseq_r20140717/  |  Debian 7  | +|  2.6.6  |  GCC/6.3.0  |  N/A  |  /applis/PSMN/debian9/software/Local/Trinity/2.6.6  |  Debian 9  | 
-| | **modulefile** : Trinity/r20140717  |||| +| | **modulefile** : Trinity/2.6.6  |||| 
-|  2.0.6  |  gnu-4.7.2  |  N/A  |  /applis/PSMN/debian7/Trinity/trinityrnaseq_v2.0.6/  |  Debian 7  | +|  2.5.1  |  GCC/6.4.0 - OpenMPI/3.0.0  |  N/A  |  /applis/PSMN/debian9/software/Local/Trinity/2.5.1  |  Debian 9  | 
-| | **modulefile** : Trinity/2.0.6  |||| +| | **modulefile** : Trinity/2.5.1  |||| 
-|  2.1.1  |  gnu-4.7.2  |  N/A  |  /applis/PSMN/debian7/Trinity/2.1.1/  |  Debian 7  | +|  2.2.0  |  gcc-6.3.0  |  N/A  |  /usr/bin  |  Debian 9  | 
-| | **modulefile** : Trinity/2.1.1  ||||+| | **modulefile** : aucun  |||| 
  
  
Ligne 39: Ligne 42:
  
 ### Modulefiles ### Modulefiles
-source /usr/share/modules/init/bash +source /usr/share/lmod/lmod/init/bash 
-module use /applis/PSMN/Modules +module load Trinity/2.5.1
-module load Base/psmn +
-module load Trinity/r20140413+
 # #
  
Ligne 51: Ligne 52:
 SCRATCHDIR=${SGE_O_WORKDIR/home/scratch} SCRATCHDIR=${SGE_O_WORKDIR/home/scratch}
 mkdir -p $SCRATCHDIR mkdir -p $SCRATCHDIR
- 
  
  
Ligne 63: Ligne 63:
 ===== Site officiel ===== ===== Site officiel =====
  
-  * http://trinityrnaseq.sourceforge.net/ +  * https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki 
-  * http://trinityrnaseq.github.io/+
  
  
Ligne 90: Ligne 90:
 Trinity doit être buildé là où il sera installé/utilisé (pas de notion de --prefix, pas d'install, chemins en dur lors du build). Trinity doit être buildé là où il sera installé/utilisé (pas de notion de --prefix, pas d'install, chemins en dur lors du build).
  
-Les plugins doivent être buildé après le build général de Trinity (bug dans le Makefile des plugins)+Les plugins doivent être buildé après le build général de Trinity (oubli dans le Makefile des plugins)
  
 Corriger <code>tar --no-same-owner</code> dans le Makefile des plugins. Corriger <code>tar --no-same-owner</code> dans le Makefile des plugins.
Ligne 96: Ligne 96:
 <code>make all && make plugins</code> <code>make all && make plugins</code>
  
-:!: jellyfish, voir rush (r20140717).+<del>:!: jellyfish, voir rush (r20140717).</del>
  
  
documentation/tools/software/trinity.1467970506.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)
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