Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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documentation:tools:software:trinity [2016/12/13 11:57] – [Trinity] ltaulell | documentation:tools:software:trinity [2022/09/13 12:36] (Version actuelle) – [Trinity] ltaulell | ||
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Ligne 1: | Ligne 1: | ||
====== Trinity ====== | ====== Trinity ====== | ||
+ | |||
+ | * assembles transcript sequences from Illumina RNA-Seq data. | ||
^ Version | ^ Version | ||
- | | 2.3.2 | + | | 2.14.0 |
- | | | **modulefile** : Trinity/ | + | | | **modulefile** : Trinity/2.14.0-foss-2021b-Python-3.9.6 |||| |
- | | 2.1.1 | + | | 2.6.6 |
- | | | **modulefile** : Trinity/2.1.1 | + | | | **modulefile** : Trinity/2.6.6 |
- | | 2.0.6 | + | | 2.5.1 |
- | | | **modulefile** : Trinity/2.0.6 | + | | | **modulefile** : Trinity/2.5.1 |
- | | | + | | |
- | | | **modulefile** : Trinity/ | + | | | **modulefile** : aucun |||| |
- | | r20140413 | + | |
- | | | **modulefile** : Trinity/ | + | |
Ligne 42: | Ligne 42: | ||
### Modulefiles | ### Modulefiles | ||
- | source /usr/share/modules/init/bash | + | source /usr/share/lmod/lmod/ |
- | module use / | + | module load Trinity/2.5.1 |
- | module load Base/psmn | + | |
- | module load Trinity/r20140413 | + | |
# | # | ||
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SCRATCHDIR=${SGE_O_WORKDIR/ | SCRATCHDIR=${SGE_O_WORKDIR/ | ||
mkdir -p $SCRATCHDIR | mkdir -p $SCRATCHDIR | ||
- | |||
Ligne 66: | Ligne 63: | ||
===== Site officiel ===== | ===== Site officiel ===== | ||
- | * http://trinityrnaseq.sourceforge.net/ | + | * https://github.com/trinityrnaseq/ |
- | * http:// | + | |
Ligne 93: | Ligne 90: | ||
Trinity doit être buildé là où il sera installé/ | Trinity doit être buildé là où il sera installé/ | ||
- | Les plugins doivent être buildé après le build général de Trinity (bug dans le Makefile des plugins) | + | Les plugins doivent être buildé après le build général de Trinity (oubli dans le Makefile des plugins) |
Corriger < | Corriger < | ||
Ligne 99: | Ligne 96: | ||
< | < | ||
- | :!: jellyfish, voir rush (r20140717). | + | <del>:!: jellyfish, voir rush (r20140717).</ |