Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
| Les deux révisions précédentesRévision précédenteProchaine révision | Révision précédente | ||
| documentation:tools:software:vasp [2014/02/13 15:23] – modification externe 127.0.0.1 | documentation:tools:software:vasp [2020/08/25 15:58] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1 | ||
|---|---|---|---|
| Ligne 3: | Ligne 3: | ||
| <WRAP round important> | <WRAP round important> | ||
| - | ^ Version | + | VASP est soumis à licence. Les binaires pour le Laboratoire de Chimie sont dans ''/Xnfs/chimie/vasp/executables/'' |
| - | | 4.6.36 | + | |
| - | | 5.3.3 | gcc 4.6 | Infiniband | + | |
| - | {{INLINETOC}} | ||
| - | ====== | + | ====== |
| + | |||
| + | * Pour les files d' | ||
| + | |||
| + | Un script régulièrement mis à jour est disponible dans ''/ | ||
| + | |||
| + | '' | ||
| + | |||
| + | |||
| + | <note warning> | ||
| + | |||
| + | <code bash parexemple.sh> | ||
| + | # | ||
| + | ### shell du job: | ||
| + | #$ -S /bin/bash | ||
| + | ### nom du job: | ||
| + | #$ -N BN_opt | ||
| + | ### files d' | ||
| + | #$ -q E5-2670deb64A, | ||
| + | ### parallel environnement & nslots | ||
| + | #$ -pe mpi16_debian 16 | ||
| + | ### charge l' | ||
| + | #$ -cwd | ||
| + | ### exporte les variables d' | ||
| + | #$ -V | ||
| + | |||
| + | HOMEDIR=$SGE_O_WORKDIR | ||
| + | SCRATCHDIR=${SGE_O_WORKDIR/ | ||
| + | |||
| + | ### mettre l'env au propre | ||
| + | |||
| + | |||
| + | ### serveurs ayant acces au scratch commun : e5-2670comp[1-4], | ||
| + | SCRATCHSERV=" | ||
| + | |||
| + | echo " | ||
| + | |||
| + | VASPDIR="/ | ||
| + | VASPEXEC=VASP533_STDreopt1_EQX | ||
| + | LOGIN=< | ||
| + | PREFIX=/ | ||
| + | MPIRUN=$PREFIX/ | ||
| + | HOSTFILE=$TMPDIR/ | ||
| + | |||
| + | ### hostfile SGE si repartition sur plusieurs noeuds | ||
| + | /bin/cat $HOSTFILE >> $HOMEDIR/ | ||
| + | /bin/rm -f $HOMEDIR/ | ||
| + | Master=" | ||
| + | /bin/echo $Master >> $HOMEDIR/ | ||
| + | |||
| + | ### creation du repertoire de travail dans le /scratch | ||
| + | ssh ${LOGIN}@${SCRATCHSERV} << EOF | ||
| + | if [[ ! -d " | ||
| + | then | ||
| + | /bin/mkdir -p ${SCRATCHDIR} | ||
| + | fi | ||
| + | EOF | ||
| + | |||
| + | ### avant les copies | ||
| + | cd $HOMEDIR | ||
| + | |||
| + | ### copie des fichiers sources dans le /scratch | ||
| + | SOURCES=" | ||
| + | for FICHIER in $SOURCES | ||
| + | do | ||
| + | scp ${HOMEDIR}/ | ||
| + | done | ||
| + | |||
| + | ### nettoyage d' | ||
| + | BADSOURCES=" | ||
| + | for FICHIER in $BADSOURCES | ||
| + | do | ||
| + | ssh ${LOGIN}@${SCRATCHSERV} "/ | ||
| + | done | ||
| + | |||
| + | # Variables pour MPI | ||
| + | #export OMP_NUM_THREADS=1 | ||
| + | #export MKL_NUM_THREADS=1 | ||
| + | |||
| + | ### run | ||
| + | cd ${SCRATCHDIR} | ||
| + | $MPIRUN -prefix $PREFIX -mca btl sm, | ||
| + | |||
| + | ### recuperation des resultats a la fin du calcul | ||
| + | RESULTS=" | ||
| + | for FICHIER in $RESULTS | ||
| + | do | ||
| + | scp ${LOGIN}@${SCRATCHSERV}: | ||
| + | done | ||
| + | |||
| + | ### | ||
| + | </ | ||
| + | |||
| + | ====== FAQ ====== | ||
| + | |||
| + | * '' | ||
| < | < | ||
| Ligne 20: | Ligne 112: | ||
| - | Vérifier le '' | + | Vérifier le '' |
| + | |||
| + | * '' | ||
| + | |||
| + | < | ||
| + | mpirun noticed that process rank 13 with PID 50067 on node c8220node202.ens-lyon.fr exited on signal 10 (User defined signal 1). | ||
| + | </ | ||
| + | |||
| + | '' | ||