Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
Les deux révisions précédentesRévision précédenteProchaine révision | Révision précédente | ||
documentation:tools:software:vasp [2014/04/02 08:47] – [Doc admin-sys PSMN] ltaulell | documentation:tools:software:vasp [2020/08/25 15:58] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1 | ||
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Ligne 3: | Ligne 3: | ||
<WRAP round important> | <WRAP round important> | ||
- | ^ Version | + | VASP est soumis à licence. Les binaires pour le Laboratoire de Chimie sont dans ''/Xnfs/chimie/vasp/executables/'' |
- | | 4.6.36 | + | |
- | | 5.3.3 | gcc 4.6 | Infiniband | + | |
- | {{INLINETOC}} | ||
- | ====== Script de soumission (example) ====== | + | ====== Script de soumission (exemple) ====== |
* Pour les files d' | * Pour les files d' | ||
- | < | + | Un script régulièrement mis à jour est disponible dans ''/ |
+ | |||
+ | '' | ||
+ | |||
+ | |||
+ | <note warning> | ||
+ | |||
+ | < | ||
#!/bin/bash | #!/bin/bash | ||
+ | ### shell du job: | ||
#$ -S /bin/bash | #$ -S /bin/bash | ||
- | #$ -N BN_opt | + | ### nom du job: |
+ | #$ -N BN_opt | ||
+ | ### files d' | ||
#$ -q E5-2670deb64A, | #$ -q E5-2670deb64A, | ||
+ | ### parallel environnement & nslots | ||
#$ -pe mpi16_debian 16 | #$ -pe mpi16_debian 16 | ||
- | ### charger | + | ### charge |
#$ -cwd | #$ -cwd | ||
### exporte les variables d' | ### exporte les variables d' | ||
Ligne 25: | Ligne 33: | ||
HOMEDIR=$SGE_O_WORKDIR | HOMEDIR=$SGE_O_WORKDIR | ||
+ | SCRATCHDIR=${SGE_O_WORKDIR/ | ||
### mettre l'env au propre | ### mettre l'env au propre | ||
- | source / | ||
- | source / | ||
- | source / | ||
- | SCRATCHDIR=`echo $HOMEDIR | awk -F "/" | ||
### serveurs ayant acces au scratch commun : e5-2670comp[1-4], | ### serveurs ayant acces au scratch commun : e5-2670comp[1-4], | ||
Ligne 40: | Ligne 45: | ||
VASPDIR="/ | VASPDIR="/ | ||
VASPEXEC=VASP533_STDreopt1_EQX | VASPEXEC=VASP533_STDreopt1_EQX | ||
- | LOGIN=snenon | + | LOGIN=< |
PREFIX=/ | PREFIX=/ | ||
MPIRUN=$PREFIX/ | MPIRUN=$PREFIX/ | ||
Ligne 69: | Ligne 74: | ||
done | done | ||
- | ### nettoyage d' | + | ### nettoyage d' |
BADSOURCES=" | BADSOURCES=" | ||
for FICHIER in $BADSOURCES | for FICHIER in $BADSOURCES | ||
Ligne 75: | Ligne 80: | ||
ssh ${LOGIN}@${SCRATCHSERV} "/ | ssh ${LOGIN}@${SCRATCHSERV} "/ | ||
done | done | ||
+ | |||
+ | # Variables pour MPI | ||
+ | #export OMP_NUM_THREADS=1 | ||
+ | #export MKL_NUM_THREADS=1 | ||
### run | ### run | ||
Ligne 88: | Ligne 97: | ||
### | ### | ||
- | < | + | </code> |
- | ====== | + | ====== |
+ | |||
+ | * '' | ||
< | < | ||
Ligne 101: | Ligne 112: | ||
- | Vérifier le '' | + | Vérifier le '' |
+ | |||
+ | * '' | ||
+ | |||
+ | < | ||
+ | mpirun noticed that process rank 13 with PID 50067 on node c8220node202.ens-lyon.fr exited on signal 10 (User defined signal 1). | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | '' |