Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
| Les deux révisions précédentesRévision précédenteProchaine révision | Révision précédente | ||
| documentation:tools:software:vasp [2014/04/02 08:48] – ltaulell | documentation:tools:software:vasp [2020/08/25 15:58] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1 | ||
|---|---|---|---|
| Ligne 3: | Ligne 3: | ||
| <WRAP round important> | <WRAP round important> | ||
| - | ^ Version | + | VASP est soumis à licence. Les binaires pour le Laboratoire de Chimie sont dans ''/Xnfs/chimie/vasp/executables/'' |
| - | | 4.6.36 | + | |
| - | | 5.3.3 | gcc 4.6 | Infiniband | + | |
| - | {{INLINETOC}} | ||
| - | ====== Script de soumission (example) ====== | + | ====== Script de soumission (exemple) ====== |
| * Pour les files d' | * Pour les files d' | ||
| - | <code bash> | + | Un script régulièrement mis à jour est disponible dans ''/ |
| + | |||
| + | '' | ||
| + | |||
| + | |||
| + | <note warning> | ||
| + | |||
| + | <code bash parexemple.sh> | ||
| #!/bin/bash | #!/bin/bash | ||
| + | ### shell du job: | ||
| #$ -S /bin/bash | #$ -S /bin/bash | ||
| - | #$ -N BN_opt | + | ### nom du job: |
| + | #$ -N BN_opt | ||
| + | ### files d' | ||
| #$ -q E5-2670deb64A, | #$ -q E5-2670deb64A, | ||
| + | ### parallel environnement & nslots | ||
| #$ -pe mpi16_debian 16 | #$ -pe mpi16_debian 16 | ||
| - | ### charger | + | ### charge |
| #$ -cwd | #$ -cwd | ||
| ### exporte les variables d' | ### exporte les variables d' | ||
| Ligne 25: | Ligne 33: | ||
| HOMEDIR=$SGE_O_WORKDIR | HOMEDIR=$SGE_O_WORKDIR | ||
| + | SCRATCHDIR=${SGE_O_WORKDIR/ | ||
| ### mettre l'env au propre | ### mettre l'env au propre | ||
| - | source / | ||
| - | source / | ||
| - | source / | ||
| - | SCRATCHDIR=`echo $HOMEDIR | awk -F "/" | ||
| ### serveurs ayant acces au scratch commun : e5-2670comp[1-4], | ### serveurs ayant acces au scratch commun : e5-2670comp[1-4], | ||
| Ligne 40: | Ligne 45: | ||
| VASPDIR="/ | VASPDIR="/ | ||
| VASPEXEC=VASP533_STDreopt1_EQX | VASPEXEC=VASP533_STDreopt1_EQX | ||
| - | LOGIN=snenon | + | LOGIN=< |
| PREFIX=/ | PREFIX=/ | ||
| MPIRUN=$PREFIX/ | MPIRUN=$PREFIX/ | ||
| Ligne 69: | Ligne 74: | ||
| done | done | ||
| - | ### nettoyage d' | + | ### nettoyage d' |
| BADSOURCES=" | BADSOURCES=" | ||
| for FICHIER in $BADSOURCES | for FICHIER in $BADSOURCES | ||
| Ligne 75: | Ligne 80: | ||
| ssh ${LOGIN}@${SCRATCHSERV} "/ | ssh ${LOGIN}@${SCRATCHSERV} "/ | ||
| done | done | ||
| + | |||
| + | # Variables pour MPI | ||
| + | #export OMP_NUM_THREADS=1 | ||
| + | #export MKL_NUM_THREADS=1 | ||
| ### run | ### run | ||
| Ligne 90: | Ligne 99: | ||
| </ | </ | ||
| - | ====== | + | ====== |
| + | |||
| + | * '' | ||
| < | < | ||
| Ligne 101: | Ligne 112: | ||
| - | Vérifier le '' | + | Vérifier le '' |
| + | |||
| + | * '' | ||
| + | |||
| + | < | ||
| + | mpirun noticed that process rank 13 with PID 50067 on node c8220node202.ens-lyon.fr exited on signal 10 (User defined signal 1). | ||
| + | </ | ||
| + | |||
| + | '' | ||