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• Pour les files d'attente du cluster Equip@méso, avec /scratch commun glusterfs

#!/bin/bash
### shell du job:
#$ -S /bin/bash
### nom du job:
#$ -N BN_opt
### files d'attente:
#$ -q E5-2670deb64A,E5-2670deb64B,E5-2670deb64C,E5-2670deb64D,E5-2670deb64E
### parallel environnement & nslots
#$ -pe mpi16_debian 16
### charge l'environnement utilisateur pour SGE
#$ -cwd
### exporte les variables d'environnement sur les noeuds d'exécution
#$ -V
 
HOMEDIR=$SGE_O_WORKDIR
 
### mettre l'env au propre
source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.sh
source /usr/local/modeles/sge.sh
source /usr/local/modeles/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7.sh
 
SCRATCHDIR=`echo $HOMEDIR | awk -F "/" '{$2="scratch"; for(j=2;j<=NF;j++) {printf("/%s",$j);} print ""} ' `
 
### serveurs ayant acces au scratch commun : e5-2670comp[1-4], pick one.
SCRATCHSERV="e5-2670comp4"
 
echo "SCRATCHDIR=$SCRATCHDIR"
 
VASPDIR="/home/vasp/VASP_2013/bin"
VASPEXEC=VASP533_STDreopt1_EQX
LOGIN=<login>
PREFIX=/softs/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7
MPIRUN=$PREFIX/bin/mpirun
HOSTFILE=$TMPDIR/machines
 
### hostfile SGE si repartition sur plusieurs noeuds
/bin/cat $HOSTFILE >> $HOMEDIR/tmp
/bin/rm -f $HOMEDIR/Master
Master="`/usr/bin/head -1 $HOSTFILE`"
/bin/echo $Master >> $HOMEDIR/Master
 
### creation du repertoire de travail dans le /scratch
ssh ${LOGIN}@${SCRATCHSERV} << EOF
  if [[ ! -d "${SCRATCHDIR}" ]] 
  then
    /bin/mkdir -p ${SCRATCHDIR}
  fi
EOF
 
### avant les copies
cd $HOMEDIR
 
### copie des fichiers sources dans le /scratch
SOURCES="POSCAR KPOINTS POTCAR INCAR"
for FICHIER in $SOURCES
do
  scp ${HOMEDIR}/${FICHIER} ${LOGIN}@${SCRATCHSERV}:${SCRATCHDIR}/${FICHIER}
done
 
### nettoyage d'eventuels fichiers resultat intermédiaire indesirable
BADSOURCES="WAVECAR CHGCAR CHG"
for FICHIER in $BADSOURCES
do
  ssh ${LOGIN}@${SCRATCHSERV} "/bin/rm -f ${SCRATCHDIR}/${FICHIER}"
done
 
### run
cd ${SCRATCHDIR}
$MPIRUN -prefix $PREFIX -mca btl sm,openib,self -hostfile $HOSTFILE  -np $NSLOTS ${SCRATCHDIR}/${VASPEXEC} > ${SCRATCHDIR}/out
 
### recuperation des resultats a la fin du calcul
RESULTS="out OUTCAR POSCAR OSZICAR XDATCAR CONTCAR NEWMODECAR DIMCAR"
for FICHIER in $RESULTS
do
  scp ${LOGIN}@${SCRATCHSERV}:${SCRATCHDIR}/${FICHIER} ${HOMEDIR}/${FICHIER}
done
 
###

mpirun: error while loading shared libraries: libimf.so: cannot open shared object file: No such file or directory

orted: error while loading shared libraries: libirng.so: cannot open shared object file: No such file or directory

Vérifier le ~/.cshrc ET l'env du vasp.j ⇒ il faut qu'ils correspondent.