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documentation:tools:software:vasp

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documentation:tools:software:vasp [2014/06/04 10:09] – [FAQ erreurs] ltaulelldocumentation:tools:software:vasp [2020/08/25 15:58] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1
Ligne 3: Ligne 3:
 <WRAP round important>**Accès réservé aux utilisateurs autorisés**</WRAP> <WRAP round important>**Accès réservé aux utilisateurs autorisés**</WRAP>
  
-^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^  modèle de configuration  ^ +VASP est soumis à licence. Les binaires pour le Laboratoire de Chimie sont dans ''/Xnfs/chimie/vasp/executables/''.
-|  4.6.36  |  gcc 4.6  |  Infiniband  |  /softs/Debian7/VASP/4.6.36/standard/vasp.4.6/  |  Debian 7  |  N/A  | +
-|  5.3.3  |  gcc 4.6  |  Infiniband  |  /softs/Debian7/VASP/5.3.3/standard/vasp.5.3/  |  Debian 7  |  N/A  |+
  
-{{INLINETOC}} 
  
 ====== Script de soumission (exemple) ====== ====== Script de soumission (exemple) ======
Ligne 13: Ligne 10:
   * Pour les files d'attente du cluster Equip@méso, avec /scratch commun glusterfs   * Pour les files d'attente du cluster Equip@méso, avec /scratch commun glusterfs
  
 +Un script régulièrement mis à jour est disponible dans ''/Xnfs/chimie/vasp/executables/''.
  
 ''qsub parexemple.sh'' ''qsub parexemple.sh''
 +
 +
 +<note warning>update needed</note>
  
 <code bash parexemple.sh> <code bash parexemple.sh>
Ligne 32: Ligne 33:
  
 HOMEDIR=$SGE_O_WORKDIR HOMEDIR=$SGE_O_WORKDIR
 +SCRATCHDIR=${SGE_O_WORKDIR/home/scratch}
  
 ### mettre l'env au propre ### mettre l'env au propre
-source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.sh 
-source /usr/local/modeles/sge.sh 
-source /usr/local/modeles/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7.sh 
  
-SCRATCHDIR=`echo $HOMEDIR | awk -F "/" '{$2="scratch"; for(j=2;j<=NF;j++) {printf("/%s",$j);} print ""} ' ` 
  
 ### serveurs ayant acces au scratch commun : e5-2670comp[1-4], pick one. ### serveurs ayant acces au scratch commun : e5-2670comp[1-4], pick one.
Ligne 82: Ligne 80:
   ssh ${LOGIN}@${SCRATCHSERV} "/bin/rm -f ${SCRATCHDIR}/${FICHIER}"   ssh ${LOGIN}@${SCRATCHSERV} "/bin/rm -f ${SCRATCHDIR}/${FICHIER}"
 done done
 +
 +# Variables pour MPI
 +#export OMP_NUM_THREADS=1
 +#export MKL_NUM_THREADS=1
  
 ### run ### run
Ligne 97: Ligne 99:
 </code> </code>
  
-====== FAQ erreurs ======+====== FAQ ======
  
   * ''cannot open shared object file''   * ''cannot open shared object file''
Ligne 110: Ligne 112:
  
  
-Vérifier le ''~/.cshrc'' ET l'env du ''vasp.j'' => il faut qu'ils correspondent.+Vérifier le ''~/.cshrc''/''~/.bashrc'' ET l'env du ''vasp.j'' => il faut qu'ils correspondent.
  
   * ''mpirun process exited on signal 10''   * ''mpirun process exited on signal 10''
Ligne 118: Ligne 120:
 </code> </code>
  
-''Signal 10 = Walltime atteint'' Le job a été lancé sur une file d'attente courte (E5-2670deb64h3 = 3 heures, E5-2670deb64d3 = 3 jours)+''Signal 10 = Walltime atteint'' Le job a été lancé sur une file d'attente courte. 
documentation/tools/software/vasp.1401876547.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)
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