Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
| Les deux révisions précédentesRévision précédenteProchaine révision | Révision précédente | ||
| documentation:tools:software:abinit [2020/06/17 10:04] – cicaluga | documentation:tools:software:abinit [2021/06/22 08:26] (Version actuelle) – [Abinit] cicaluga | ||
|---|---|---|---|
| Ligne 1: | Ligne 1: | ||
| ====== Abinit ====== | ====== Abinit ====== | ||
| - | <note warning> | + | * ABINIT is a software suite to calculate the optical, mechanical, vibrational, |
| + | ^ Version | ||
| - | ^ Version | + | | 8.6.3 | openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6 |
| + | | 8.6.3 | openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6-mkl-2017.4 | ||
| + | | 8.10.3 | ||
| + | | 9.4.1 | openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6-mkl-2017.4 | ||
| - | | 8.6.3 | openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6 | ||
| - | | 8.6.3 | openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6-mkl-2017.4 | ||
| - | | 8.10.3 | ||
| - | |||
| - | |||
| - | |||
| - | Pour utiliser les modulefiles, | ||
| + | Pour utiliser les modules, consulter [[documentation: | ||
| ===== Site officiel ===== | ===== Site officiel ===== | ||
| Ligne 23: | Ligne 21: | ||
| ====== Script de soumission (exemple) ====== | ====== Script de soumission (exemple) ====== | ||
| - | * Pour les files d' | ||
| '' | '' | ||
| <code bash parexemple.sh> | <code bash parexemple.sh> | ||
| + | |||
| #!/bin/bash | #!/bin/bash | ||
| - | ### shell du job: | ||
| #$ -S /bin/bash | #$ -S /bin/bash | ||
| - | ### nom du job: | + | # |
| - | #$ -N pouet | + | #$ -N Test_13_5000K_snps3000 |
| - | ### files d' | + | #$ -q E5_test |
| - | #$ -q E5-2670deb64Z | + | #$ -pe test_debian 32 |
| - | ### parallel environnement & nslots | + | # |
| - | #$ -pe mpi16_debian 48 | + | ### charger |
| - | ### charge | + | |
| #$ -cwd | #$ -cwd | ||
| - | ### exporte | + | ### exporter |
| #$ -V | #$ -V | ||
| + | ### mails en debut et fin d' | ||
| + | #$ -m be | ||
| + | HOSTFILE=${TMPDIR}/ | ||
| + | cd ${SGE_O_WORKDIR} | ||
| + | # | ||
| + | ### configurer l' | ||
| + | module purge | ||
| + | module load ABINIT/ | ||
| + | PREFIX="/ | ||
| + | MPIRUN=" | ||
| + | # | ||
| + | $MPIRUN -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} abinit < a13_5000K_snps3000.files > a13_5000K_snps3000.log | ||
| + | # fin | ||
| - | HOMEDIR=$SGE_O_WORKDIR | + | </ |
| - | ## charge l' | + | ====== Tutoriel ABINIT " |
| - | source / | + | |
| - | module use / | + | |
| - | module load Base/psmn | + | |
| - | module load Abinit/ | + | |
| - | HOSTFILE=$TMPDIR/ | + | Plusieurs tutoriels sont proposés par ABINIT dans le répertoire share/ |
| + | On peut suivre tous ces tutoriels, ci-dessous sont présentées les étapes pour suivre le tutoriel " | ||
| + | |||
| + | |||
| + | * Rapatriement du tutoriel dans le compte utilisateur | ||
| + | |||
| + | <code bash> | ||
| + | $ mkdir -p ~/ | ||
| + | |||
| + | $ cp -a / | ||
| + | |||
| + | $ cp / | ||
| + | |||
| + | </ | ||
| + | |||
| + | * Définition de l' | ||
| + | |||
| + | <code bash> | ||
| + | $ cd ~/ | ||
| + | $ module load ABINIT/ | ||
| + | </ | ||
| + | |||
| + | * Exécution de l' | ||
| + | |||
| + | <code bash> | ||
| + | $ mpirun -np 4 abinit < tdfpt_01.files > tdfpt_01.log | ||
| + | </ | ||
| + | |||
| + | * Exécution du calcul DFPT | ||
| + | |||
| + | <code bash> | ||
| + | $ cp tdfpt_01.o_WFK tdfpt_02.i_WFK | ||
| + | $ cp tdfpt_01.o_WFK tdfpt_02.i_WFQ | ||
| + | $ mpirun -np 4 abinit < tdfpt_02.files > tdfpt_02.log | ||
| + | </ | ||
| + | |||
| + | A la fin de l' | ||
| + | |||
| + | |||
| + | < | ||
| + | < | ||
| + | |||
| + | * Lancement en mode Batch | ||
| + | |||
| + | Les étapes précédentes étant exécutées en mode Interactif, mais pour plus de rapidité et pour poursuivre les calculs en mode production, ces étapes sont à exécuter en mode Batch (soumission aux queues SGE), en soumettant un script de soumission classique ABINIT, comme suit : | ||
| + | |||
| + | |||
| + | <code bash> | ||
| + | |||
| + | $ qsub script_abinit | ||
| + | |||
| + | où script_abinit contient : | ||
| + | |||
| + | $ cat script_abinit | ||
| + | # | ||
| + | # | ||
| + | #$ -N Test # Job name | ||
| + | # | ||
| + | #### For testing | ||
| + | ####$ -q E5_test | ||
| + | #$ -q h48-E5-2670deb128 | ||
| + | ####$ -pe test_debian 32 | ||
| + | #$ -pe mpi16_debian 16 | ||
| + | ### charger l' | ||
| + | #$ -cwd | ||
| + | ### exporter les variables d' | ||
| + | #$ -V | ||
| + | ### mails en debut et fin d' | ||
| + | #$ -m be | ||
| + | HOSTFILE=${TMPDIR}/machines | ||
| + | cd ${SGE_O_WORKDIR}/ | ||
| + | ### configurer l' | ||
| + | module purge | ||
| + | module load ABINIT/ | ||
| + | # | ||
| + | ### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ||
| + | PREFIX="/ | ||
| + | MPIRUN=" | ||
| + | ## | ||
| + | ## | ||
| + | NSLOTS=4 | ||
| + | ###### First test | ||
| + | ## | ||
| + | $MPIRUN -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} abinit < tdfpt_01.files > tdfpt_01.log | ||
| + | cp tdfpt_01.o_WFK tdfpt_02.i_WFK | ||
| + | cp tdfpt_01.o_WFK tdfpt_02.i_WFQ | ||
| + | ## Test case, step 2 (DFPT calculation) | ||
| + | $MPIRUN -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} abinit < tdfpt_02.files > tdfpt_02.log | ||
| + | ## | ||
| + | ## | ||
| + | ###### Second test | ||
| + | ## | ||
| + | $MPIRUN -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} abinit < tdfpt_03.files > tdfpt_03.log | ||
| + | cp tdfpt_03.o_WFK tdfpt_04.i_WFK | ||
| + | cp tdfpt_03.o_WFK tdfpt_04.i_WFQ | ||
| + | ## Test case, step 2 (DFPT calculation) | ||
| + | $MPIRUN -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} abinit < tdfpt_04.files > tdfpt_04.log | ||
| + | # | ||
| - | cd $HOMEDIR | ||
| - | mpirun -np $NSLOTS -hostfile $HOSTFILE abinit-mpi | + | # fin |
| + | </code> | ||